在國家三級師範改革為二級師範、逐步取消中等師範的過程中，原中等特殊教育師範學校也采取適合當地情況的多種方式升格為高等師範院校。北京第一師範學校的特殊教育師範部在2000年獨立成為北京聯合大學特殊教育學院，集培養特殊教育師資和招收盲、聾等殘疾青年的雙重功能於一身。南京特殊教育師範學校於2002年經江蘇省政府批準升格為應用型高等專科學校。有的學校的特殊教育師範部與師專或其他職業學院合並，培養大專層次的特殊教育大學生，例如1997年福建泉州中等特殊教育師範學校與泉州師專合並，成立了培養特殊教育師資和普通小學師資的專門院係。
北京師範大學早在1984年就以比較教育專業的名義招收過特殊教育方麵的碩士研究生。1993年，北京師範大學、遼寧師範大學建立了特殊教育碩士點，開始招收特殊教育專業的碩士研究生。2004年，華東師範大學3位由方俊明教授任導師的我國大陸第一批特殊教育專業博士生通過了答辯。2007年起，北京師範大學開始由王雁教授招收特殊教育專業博士研究生。
此外，特殊教育高等教育自學考試，與康複有關的特殊教育語言訓練、聽力康複學等相關學科的專業人員培養機構和係統也逐步建立和形成。
隨著特殊教育師資培養的發展，特殊教育的科研機構也相應建立。1988年，在原特殊教育研究室的基礎上，北京師範大學成立了特殊教育研究中心。該中心由國家教委設立，並由國家教委和北京師範大學雙重領導。同年，中央教科所建立了特殊教育研究室，一些大學建立了特殊教育研究所（室）。特殊教育的群眾性科研機構（研究會）在全國和各省紛紛建立，積極開展群眾性的教育教學科研工作。內部的和公開的特殊教育雜誌創辦和發行，大量特殊教育文集、專著、譯著等得到出版。