中國農村義務教育階段在校生有將近1.5億人。我國政府為推進農村地區的“兩基”工作，投入了大量的人力、物力和財力。前文概述了改革開放以來，我國農村義務教育經費投入體製的變遷。實際上，在這些常規的投入之外，中央政府為了照顧農村地區教育的特殊需求，還有針對性地設置了許多專項基金，通過一些重大工程，有效保障農村義務教育的可持續發展，縮小城鄉義務教育的差距。
從1995年實施的“國家貧困地區義務教育工程”開始，進入21世紀，中央又陸續出台了“全國中小學危房改造工程”“農村寄宿製學校建設工程”和“農村中小學現代遠程教育工程”等全國性的重大工程，進一步改善了農村地區中小學的基礎設施。2010年，農村地區教師住房困難的問題受到了中央的高度重視，同年啟動了“農村邊遠艱苦地區學校教師周轉宿舍建設試點項目”，為農村教師提供保障性的周轉宿舍，極大地改善了農村教師的生活條件。2011年秋季，為了落實《國家中長期教育改革和發展規劃綱要（2010—2020年）》精神，國務院決定正式啟動“農村義務教育學生營養改善計劃”，以保障貧困地區中小學生的健康和營養狀況。
2.2.1 國家貧困地區義務教育工程
“國家貧困地區義務教育工程”已經實施了兩期，第一期從1995年到2000年，由教育部（原國家教委）、財政部聯合組織實施。在一期工程中，各級政府共計投入129億元，中央財政投入39億元，地方財政配套87億元。第二期在“十五”期間進行，各級政府共計投入73.6億元，中央政府投入50億元，地方財政配套23.6億元。
“一期工程”在2000年年底圓滿完成，實施範圍包括了全國22個省、自治區、直轄市及新疆建設兵團的852個貧困縣，其中“八七”扶貧攻堅計劃確定的國家級貧困縣就有568個。作為第一個全國性的義務教育重大工程，“一期工程”總體上收到非常好的效果，主要體現在如下幾個方麵。