我們應建立與國家創新體係緊密聯係和相輔相成的教育創新體係，形成符合社會主義市場經濟規律和科技自身發展規律的宏觀科教管理體製，創設促進教育創新的教育創新政策體係，形成知識創新、技術創新和創新型人才培養三位一體的完善的國家創新體係。
（一）以創新目標體係建設為指向，確保教育創新體係建設的科學定位
一個明確的目標是完成任務的指針。構建一個完整的創新目標體係是實施教育創新體係建設的首要任務。教育是前沿知識的生產者、創新人才的培養者、創新文化的孕育者，是創新網絡的紐帶。構建教育創新體係的目標就是充分發揮教育的基礎性、先導性和全局性作用，為建設創新型國家提供源源不斷的動力。具體到大學而言，作為創新型人才培養和輸出基地，大學要在不斷增強自身的自主創新能力的同時，積極創新現有人才培養模式和機製，大幅提高創新型人才培養的質量和水平，切實發揮知識創新的主力軍、技術創新的重要方麵軍、科技成果轉化的生力軍的作用，為我國創新型國家建設提供源源不斷的創新型人才。當然，創新不是盲目的，每一所大學的創新活動都要立足於自身的特點和發展實際。各大學應結合自身的發展定位、辦學實力、學科特點、區域環境等實際情況，確定自己的目標體係，不斷構建完善的、具有自身特點的、符合自身需要的創新體係，從而在教育創新和創新型國家建設中發揮更好的作用。
從大學在國家創新體係中的角色定位出發，大學創新的目標為：培養創新型人才，為創新型國家建設提供人力資源；搭建創新平台催生高水平科技成果；建設技術轉移和社會服務體係，提高大學的社會服務水平與質量；培育創新文化和理念，引領國家和社會的未來發展等。但是當前我國大學還存在創造性人才培養模式不健全，大學人事、科研和教學管理製度缺乏靈活性，沒有形成良性流暢的產學研合作機製等障礙因素。更好地發揮大學的創新作用，勢必會對現行的大學教育及管理觀念、管理體製、科學研究、人才培養、文化建設等方麵帶來衝擊。因此，大學必須從教育觀念、管理體製、科技研發支持與管理、人才培養模式、校園文化建設等方麵加強內部治理改革，加強大學創新所需要的環境與機製建設。健全的大學創新目標體係至少應包括以下幾個子體係：觀念創新目標體係、管理創新目標體係、科技創新目標體係、人才培養創新目標體係和文化創新目標體係等。