相對於部委院校和教育部直屬院校而言，地方高校具有先天的劣勢。例如，教學方麵，生源質量低、辦學經費少、師資力量差，使其難以培育大量精英人才；科研方麵，科研隊伍層次低、科研投入經費少、研究方向不固定，使其很難開展高水平的研究和承擔國家級科技攻關任務等。但是在區域創新方麵，地方高校具有全國重點高校不可替代的優勢，是區域內科技創新、技術轉移和成果轉化的重要載體與平台，是區域人才培養、知識創造、積累與傳播的重要基地，是傳播科學精神、科學道德以及精神文明和文化建設的主要陣地。地方高校在區域創新體係建設進程中擔負著光榮而艱巨的使命，應得到地方政府和社會的重視和支持。同時，地方高校與全國重點高校一樣，應主動參與區域創新體係建設，發揮引領和支撐作用，為區域經濟社會發展貢獻力量。可以說，地方高校是區域科技進步的主力軍，地方高校是區域內人力資源的主要培養者、知識創新的主體，地方高校是社會發展的重要推動力量。所以，我們應采取措施推動地方高校融入區域創新體係。
（一）理順地方高校與其他主體之間的互動機製
傳統體製下的政府對創新體係各主體實行計劃配置，雖然這有助於重大科技目標的實現，但很難發揮產、學、研、用等單個主體的積極性。隨著改革的深化，計劃機製的作用在減弱，但現有的創新中介機構和支撐服務體係較為薄弱，無法發揮市場機製的作用。同時，區域創新體係主體性要素所處的外部環境不夠理想，如人才的流動受到社會保障體係和人才政策的束縛，科技成果的產業化受到融資體製的限製，政府科技信息等公共產品供給的缺失導致區域創新體係互動機製的缺位。
加強高校與地方合作最有效的手段和途徑就是建立地方高校與地區龍頭企業長期穩定、互惠共贏的產學研戰略聯盟，構築合作創新平台，將高校優勢科技資源係統地注入支柱產業、新興產業的發展中，實現產學研合作由短期合作、鬆散合作、單項合作向長期合作、緊密合作、係統合作的轉變。高校應瞄準地方科技創新需求，有組織、跨學科地與省市共建科技創新平台，積極承接省市委托的重大科技項目，推動區域自主創新體係的完善和產業結構的升級。