這一時期，以1993年中央頒布的《中國教育改革和發展綱要》（以下簡稱《綱要》）為標誌，多渠道籌措教育經費發展高等教育，更好地為社會主義市場經濟服務成為主要特點，突出表現在以下幾個方麵。
——改革了高校的辦學體製和管理體製。為解決高校“條塊分割”辦學和管理體製存在的問題，這一時期中央開始將原來由中央有關部委、企業管理的學校，以“共建、合並、劃轉、協作、合作”等形式，逐步下放給省級政府管理，中央隻保留少數重點骨幹高校，真正落實了高等教育實行中央、省兩級管理，以省為主的辦學和管理體製。增強了地方政府的權力和責任，同時客觀上也加大了地方政府的財政負擔。
——形成了多樣化的高等教育投資渠道。《綱要》明確了今後一個時期我國建立“以國家財政撥款為主，多渠道籌措教育經費”的體製，並明確指出要“改變政府包攬辦學的格局，逐步建立以政府辦學為主體，社會各界共同辦學的體製”，將學費、校辦產業、社會服務、社會捐資助學、金融信貸等手段作為國家財政性教育經費之外教育經費籌措的主要手段。經過不斷的探索和完善，初步形成了財政撥款、學費收入、學校創收、社會捐贈等多樣化的高等教育投資渠道。
——建立了學生繳費上學，國家資助保障的製度。經過不斷探索完善，這個時期我國完成了“公費生”和“自費生”在收費上的“並軌”，收費政策統一，同時規定學費標準根據年生均教育培養成本的一定比例確定（控製在25%以內）。不同地區、不同專業、不同層次的學生收費標準可以有所區別。在完善學生收費製度的同時，國家也逐步完善了學生資助體係，建立了對困難學生的資助政策、貸款政策、勤工助學政策和獎學金政策等，以幫助家庭經濟困難學生完成學業。