這一時期，以1985年中央頒布的《關於教育體製改革的決定》為標誌，教育事業進入了全麵改革的快車道，高等教育投資政策也有較大的變化，突出表現在以下幾個方麵。
——實行了“三級辦學、兩級管理”的管理體製。高校實行中央、省、中心城市三級辦學體製，由中央和省兩級管理，這既有利於調動各級政府辦學的積極性，又有利於政策的落實。
——明確了“兩個增長”的投資要求。《關於教育體製改革的決定》明確要求，中央和地方政府教育投資的增長要高於財政經常性收入的增長，並按在校學生人數平均的教育費用逐步增長，進一步明確了各級政府發展高等教育的責任。
——改革了對高校的撥款方式。改“基數加發展”的平均分配的經費撥款方式為“綜合定額加專項補助”方式，調動了高校招生的積極性。
——實現了招生形式的多樣化。允許招收委培生、自費生。這一方麵使高校的專業設置和招生數量更好地滿足了國家、社會、企業的需要，另一方麵也增加了學校的收入，增強了學校的發展動力。
——實施了學生收費與助學金改革。在進行委培生、自費生多年試點的基礎上，20世紀80年代末，全國普通高校計劃內學生普遍開始交納學雜費和住宿費，盡管標準很低，學雜費每生每年100元，住宿費每生每年20元，但其標誌性的意義卻很強。這預示著中華人民共和國成立以後免費上大學時代的結束。為了避免家庭困難學生因繳不起學費而輟學，國家同時進行了助學金的全麵改革，實行獎學金、助學金、貸學金製度。
——社會捐贈開始出現。但主要是由境外人士和港澳愛國人士對高校進行捐助。
[1] 康寧.中國經濟轉型中高等教育資源配置的製度創新[M].北京：教育科學出版社，2005：137.