隨著政府職能的轉變，中央擺脫了對高等教育事無巨細的管理，將工作重心轉移到製定目標和質量監管上來，而通過評估來保障質量和國家目標的實現已成為法國高等教育治理的基本環節。不管大學自治的程度如何，都離不開各級相關法律政策[1]的監管。
但是評估製度的建設卻是個複雜的問題。首先，高等教育的多元主體對於評估標準的看法各有不同；其次，教育全球化的發展使各國評估體係的建設不得不關注國際評估體係及慣例，從而保證本國的教育和文憑具有可比性並獲得國際認可和信任；然而，包括法國在內的大多數國家卻“缺乏足夠的人力資源去承擔和管理這一複雜的行動，比如進行自我研究和同行評估，這已成為在全球範圍內建設質量保障計劃的一個嚴重的挑戰”[2]。另外，評估體係的建立總要以國家的高等教育組織模式和教育傳統為基礎，雖然美國、英國、加拿大、比利時等國家的評估機製建立較早，但對於法國卻非可以套用的現成模式。目前在法國，承擔高等教育評估工作的有國家和地方的督導機構，還有獨立行政機構，比如高等教育與評估中心，這種評估模式可以說是具有法國特色的。這裏需要強調的是，這些機構的評估結果並不用於評斷大學是否具有頒發文憑的資格（這一點不同於對“大學校”進行評估監督的工程師學銜委員會），而且其評估的對象主要是國家教育體係的行政組織和學術機構的運行狀況而很少針對學者個人。
對於學者的評估主要來自大學全國委員會按照學科或分學科對大學教師的評估，事實上，一直以來對於法國學者的評估和審核都是以“同行評議”為原則的。早在“學院共和國”時期，學院（而非大學）與政府直接對話，學科大教授作為學院的代表固守著“學術象牙塔”，在一定程度上保護著學者的自由，第二次世界大戰之後，隨著大學全國委員會的建立，大學人員的招聘、職稱晉升轉由該機構負責評估審議。正因如此，在學術自由方麵大學自治改革的政策顯得有些矛盾，一方麵，自治改革宣揚保證教師和研究人員的學術自由，包括自主製定上課的內容、教學法、考試形式和研究計劃；另一方麵又允許多方主體參與大學決策，包括確定課程大綱，政策越來越表現出要給予校外人員更多發言權的趨勢，同時2007年“大學自治法”將教師工作和獎金的分配權交予大學校長，在擴大校長行政權力的同時卻沒有形成有效的製約機製，這些可能給學術職業造成影響的問題將成為改革成功與否的關鍵。