與電子書美好的遠景相比，當前我國電子書的發展狀況仍然不是非常理想，還有很大的提升空間。阻礙電子書發展的主要問題如下。
（一）電子書商業運作模式
相比於國外亞馬遜已經成熟的電子書運作模式，我國在建立基於我國國情的電子書商業模式方麵還有很大的探索空間。很多電子書出版商看好這塊“大蛋糕”，但研究和創新不夠，沒有深入地把握讀者的消費心理和需求，缺乏對電子書開發到銷售各環節關鍵的把握。電子書的價格也高下不一，缺乏相對統一的標準。同時，在技術的投入方麵，開發的產品還不夠優質，也缺乏對數字閱讀的深刻理解，這些都不利於理想商業運作模式的打造。
（二）電子書格式標準
從目前電子書市場上圖書格式來看，種類繁多，不同的技術公司采用自己的格式規範，如超星的PDG，清華同方的CAJ，方正的CEB、CHM、DPUB，Adobe的PDF等。這種做法的出發點和動機不難理解：企業在沒有統一格式要求的狀況下，為了保護自身利益，防止盜版和非法複製，並借此捍衛自身地位，擴大自身影響。然而，卻給用戶增添了使用上的困難，各閱讀器互不兼容，麵對不同的閱讀器需要不斷適用和學習操作方法，書籍內容相互轉換和整合困難。對出版商而言，重複地開發建設也浪費了大量的成本和資源，降低了文化傳播的效率和效益。
（三）電子書知識版權保護
數字化內容易於複製、傳播的特點，體現出技術的兩麵性：一方麵是電子書發行快捷，傳播效率高；另一方麵其複製的成本幾乎為零，容易被盜版而使出版商、作者利益蒙受損失，不利於電子書的良性發展。對電子書知識加強版權保護已成為當務之急，需要強化立法、執法加以保障，同時提升相關技術，通過加密等方式使盜版難度加大、成本提高。