係統初始化是指結合企業實際情況，將通用的賬務處理係統轉化成適合本單位核算要求的賬務處理係統。初始化設計是賬務處理係統設計中最基礎的設計，一般包括以下內容：
1.操作員及權限設置
為保證係統和數據的安全，使用財務軟件時必須將本單位財務人員設置為操作員，避免業務無關人員對係統進行操作。係統管理員應在賬套中對每一個操作員授予相應的操作權限，分清業務範圍，明確職責，保證數據安全。
2.建立賬套
企業首次使用會計軟件時，必須建立核算賬套。建立賬套必須進行相應的參數設置，包括賬套代碼、單位名稱、啟用日期、科目編碼原則、結賬日期等。
3.會計科目的設置
會計科目是對會計核算內容的具體分類，是賬務處理的基礎。會計科目設置的基本內容包括科目代碼設計、科目名稱、科目類型等。
4.輔助賬目錄的設計
輔助賬目錄的設計是將明細科目設置為各輔助核算下的目錄，如往來核算，應分別設置單位目錄，包括單位編碼、名稱等信息；個人目錄設置就是對單位所有職員進行的列表設置，包括員工編碼、名稱、所屬部門等。
5.結算方式設計
為對每筆業務加以詳細了解，應把單位需要使用的各種結算方式（如現金、支票、銀行匯票等）按照設定的編碼進行整理，以便在憑證製作時進行輔助錄入。
6.憑證類別
為了便於記賬、查詢、匯總，應進行憑證類別設計。常用憑證類別有：①收款憑證、付款憑證、轉賬憑證；②現金憑證、銀行憑證、轉賬憑證；③現金收款憑證、現金付款憑證、銀行收款憑證、銀行付款憑證。使用單位憑證根據自身情況進行設計，隻能選取其中一種形式。
7.期初餘額錄入
設置好會計科目後，應將手工賬科目期初餘額錄入計算機。在期初餘額錄入後注意進行試算平衡，使全部科目的借方餘額等於貸方餘額，總賬的餘額等於所屬明細賬餘額。