由於農村信用社是農村金融機構的主體，農村合作銀行和村鎮銀行同屬於農村社區型金融機構，其業務類型和經營管理與農村信用社基本相同。所以，我們仍以農村信用社為主框架，討論農村金融機構的風險管理問題。
一、農村信用社的風險管理
風險管理就是要度量風險，並在此基礎上對其實施監測和控製。現代金融業的風險管理已經把重點從對單一的平均數預測轉變為對潛在偏離的範圍及結果的研究上來。農村信用社在加強經營管理、識別風險類型、分析風險成因的基礎上，監測經營過程中產生各種風險的可能性，對各種不可避免的經營風險進行事先、事中控製將變得尤為重要。
應該說，風險將給未來帶來或有成本，這些成本必須通過某種方式計算或衡量。忽略今天的風險，就等於忽視未來的潛在損失，等於放棄現在采取糾正或回避措施的機會。同時，如果沒有對風險的定價，農村信用社就無法估計出它們交易的相關成本，這樣也會招致高風險客戶和排斥低風險客戶。農村信用社的風險管理就是要體現“實施戰略的工具、增強競爭優勢和提高經濟效益”的職能；通過風險管理將其風險損失降低到最低程度，並切實保證能夠實現即期經濟效益。
（一）農村信用社風險管理的流程
風險管理流程一般包括：目標設定、風險識別、風險分析、風險應對、風險監控五個環節。目標設定是風險管理流程的起點，確定了農村信用社對風險的容忍和偏好；風險識別需要確定、分析、收集和積累與風險相關的風險要素和風險要素數據，其解決方案包括數據管理方案與信息數據庫；風險分析的主要內容是使用風險評估模型確定風險的評估方式，其解決方案包括風險分析工具與信息數據庫；風險監控是將風險評估技術運用到業務管理和風險管理中，輔助審批及進行風險決策，其解決方案包括業務管理係統和各種數據查詢工具。