爭勝便不免有異同分合。陳垣以研究古教成名，也由此與伯希和結緣。尤其是關於摩尼教的研究。1923年4月，陳垣在北京大學《國學季刊》第1卷第2號發表《摩尼教入中國考》，以京師圖書館所藏敦煌摩尼教經殘卷，參照其他相關史料考證宗教史。此問題及資料，沙畹、伯希和十年前已經做過研究，並在《亞洲報》發表《研究京師圖書館藏敦煌摩尼教殘經》，內容與陳垣文多相類，而陳並未看過沙、伯二人的論文。此事被時人斷為水準相近者用相同材料研究同一問題，其結論往往相似的典型。陳垣文後出，所引材料及探討問題較前人詳備，或認為論及此事者雖有蔣伯斧、伯希和、王國維等數人，“具體解決者，隻有陳援庵一人”。[1]伯希和看到陳垣的論文，即致函陳垣，查詢有關宋元間摩尼教流入福建的情形，尤其關注耳聞已久的福州烏石山刻有二宗經、三際經的兩塊宋碑。[2]陳接信後，即托樊守執代為查訪。樊氏先是設法坐實伯希和是否由龔易圖處獲得信息，繼而到烏石山及其支脈的各宮觀、寺廟、祠堂、宅邸及沿山石崖尋訪多日，均無發現，遂斷定“烏石一山實無該經石刻、木刻或經卷”。[3]此事雖無結果，卻是陳垣與伯希和文字交往的發端。
伯希和與中國學者結緣，敦煌遺書是重要媒介。1924年陳垣將北平圖書館藏敦煌經卷八千餘軸，分辨類別，考訂同異，編成目錄，名《敦煌劫餘錄》，據說取其曆劫僅存之意。1930年付梓時，陳垣自序，中有“（清光緒）三十三年，匈人斯坦因、法人伯希和相繼至敦煌，載遺書遺器而西，國人始大駭悟”。友人勸以序中不要直接提名，因為二氏來中國，在學術界集會上彼此還常見麵，而且“劫餘”二字太“刺激”，是否改一名稱。陳答稱：“用劫餘二字尚未足說明我們憤慨之思，怎能更改！”[4]是書1931年由曆史語言研究所印行。兩年後伯希和對陳垣推崇有加，並不以“劫餘”之斥為忤。陳垣與伯希和關於學術為天下公器和學者民族感情相輔相成的態度，成為那一時期中外學術交流進入相對正常的發展軌道的重要基因。