對於清史尤其是晚清史的研究，陳寅恪從史料到史學一直有不少精辟而獨到的見解。其治史強調要收羅古今中外公私敵我正史雜書各種資料，融會貫通。他曾針對倉促成書的《清史稿》談及相關的史料與史學，認為：
史館中史料殘缺殊甚，某人任某門，則某門之史料即須某人以私人資格搜羅。微特浩如煙海之史料，難由一二私人征集，即自海通以還，一切檔案，牽涉海外，非由外交部向各國外交當局調閱不可，此豈私人所能為者也？邊疆史料，不詳於中國載籍，而外人著述卻多精到之記載，非征譯海外著述不可。又如太平軍之役，除官書外，史料亦多缺軼。曾氏初起時，曾遣人之粵偵伺洪氏內幕。此人備曆艱險，作有詳細報告，成一專書，名曰《賊情回報》[1]，今其書尚存，於太平軍中諸領袖人物，皆為作略曆，如小傳，一切法製規例，皆詳列靡遺。此類極有價值之史料，若不出重價購買，則於太平軍內容，必難得其詳。此事亦非私人所能了。又乾隆以前《實錄》皆不可信，而內閣檔案之存者，亦無人過問。清人未入關前史料，今清史館中幾無一人知之，其於清初開國史，必多附會。
1928年，他為挽救由李盛鐸保存、瀕臨毀壞的內閣檔案向各處呼籲，認為其中“有明一代史料及清初明清交涉檔案，極為重要，……（清華）研究院如能擴充，則此大宗史料，實可購而整理之”。[2]後來日本滿鐵公司聞訊，訂約購買。陳寅恪與胡適等人“堅謂此事如任其失落，實文化學術上之大損失，明史、清史，恐因而擱筆，且亦國家甚不名譽之事也”。[3]
重視資料搜集之外，陳寅恪晚年的治學重心下移到明清史，其成就及方法對於近代史研究有極為重要的啟示與示範作用。可惜此節尚未得到學術界的充分認識和重視。近代學者，承續清學餘蔭，競相擁擠於古史狹境。“當時學術界凡主張開新風氣者，於文學則偏重元明以下，史學則偏重先秦以上。”[4]所以章太炎批評“今之講史學者，喜考古史，有二十四史而不看，專在細致之處吹毛求瘢”。[5]1934年2月趙萬裏與朱自清談論“現在學術界大勢”，慨歎：“大抵吾輩生也晚，已無多門路可開矣。日本人則甚聰慧，不論上古史而獨埋首唐宋元諸史，故創獲獨多也。”[6]其實不僅日本學者，近代史學界二陳（垣、寅恪），也都是不論上古史。陳寅恪為陳垣《元西域人華化考》作序，稱“先生是書所發明，必可示以準繩，匡其趨向”，“關係吾國學術風氣之轉移者至大”，不僅路徑須“脫除清代經師之舊染”，“合於今日史學之真諦”，而且領域應由“三代兩漢”而“中古以降”。[7]