東方考古學協會由北京大學研究所國學門考古學會和日本東亞考古學會聯合組成，追溯該會緣起，自應詳究北大考古學會和日本東亞考古學會的來龍去脈及其相互關係。
北京大學考古學會的緣起與日本及歐美考古學界不無關聯。自19世紀末起，日本即開始關注中國的考古發掘。辛亥革命以後，羅振玉、王國維等人避難京都，所帶去的甲骨及殷墟出土古器物引起內藤虎次郎、富岡謙藏等人的極大興趣。1913年9月，京都大學決定開設日本最早的考古學講座。因負責的濱田耕作留學歐洲，由朝鮮史家今西龍暫管。1916年，有日本考古學鼻祖之稱的濱田耕作博士從歐洲歸國，正式開設考古學講座，提出殷代金石過渡期說，並計劃發掘遺跡。[1]東京的林泰輔、鳥居龍藏、大山柏等認為中國局勢複雜，應朝著中日合作的方向發展，較易著手。[2]而中國方麵與此不謀而合，也在籌劃建立新型考古學機構。梁啟超雖稱“考古學在中國成為一種專門學問，起自宋朝”[3]，實則原來隻有金石器物之學而無考古學。1908年，美國亞洲文藝會書記馬克密以中國古代文化稱盛，而古物為中外竊毀者多，在北京成立附屬於該會的中國古物保存會，呼籲保護中國文物，得到各國駐華公使、使館人員、歐美學者的熱烈響應，陸續入會者達三百餘人。民國以後，其活動除撰具禁毀中國古物廣告四處張貼外，還將保存辦法函達中國政府外交部，以期中外合力，共同保護。其實清末民初盜賣古物之風興起，與來華外人從事掠奪關係甚巨。[4]
隨著全球考古發現的重心逐漸東移，歐美日本等國相繼在中國展開考古探險和發掘活動，所獲成果震驚了國際學術界，也引起中國學者對於考古事業的關注，作為最高學府的北京大學尤為積極。1918年4月，治古物學的巨擘羅振玉抵京，北大校長蔡元培親往其下榻的燕台旅館拜訪，請他擔任北大的古物學講座。羅以衰老不能講演婉辭，“並言近在日本京都亦不任教科，惟在支那學會中與漢學家時有討論而已”。蔡“乃與商專設一古物學研究所，請為主任教員，無教室講演之勞，而得與同誌諸教員共同研究，並以研究所組織法及全國古物保存法請先生起草”。[5]羅先受後拒，最終隻擔任後來成立的研究所國學門考古學通信導師。1921年，任職於中國政府農商部地質調查所的安特生在遼寧錦西沙鍋屯和河南仰韶村的發掘，標誌著中國近代田野考古學的誕生。[6]其成果和所使用的科學方法，很快引起胡適等北京大學新進學者的關注，他們積極支持安特生提出的為北大開設比較古物學課程的建議。[7]