幾乎所有的回憶錄都說軍國民教育會是一個排滿革命組織，而撰寫者又大都是該會會員或當時的留日學生，如劉揆一的《黃興傳記》、陶成章的《浙案紀略》、秦毓鎏的《自書履曆》、李樹藩的《甲辰拒俄義勇隊與長沙之革命運動》、蘇鵬的《柳溪憶語》以及王輔宜的《關於軍國民教育會》等，其中說得最明確的是馮自由的《革命逸史》：
軍國民教育會與義勇隊性質不同之點，後者屬於拒俄禦侮，而前者則屬於革命排滿，此其宗旨懸殊者也。義勇隊既解散，學生之卑怯者，以畏懼政府幹涉，不敢再預聞政治運動。湖北學生王璟芳因舉發義勇隊誌在革命有功，清廷嘉之，特旨賞給舉人。葉瀾、董鴻禕、秦毓鎏諸人不為少屈，乃於癸卯夏間發起軍國民教育會，群推秦毓鎏起草立會意見書。……軍國民教育會成立時，以本身性質屬於秘密團體，須預防破壞，且須計之破壞後之安排，故定名頗費斟酌。而招收會員，概取嚴密，人數不多，鹹能恪守規章，保存機要。開會無定期，會場無定所，故自癸卯成立起至乙巳合並同盟會止，迄未破壞。……更推舉同誌返國分省運動起義，名曰運動員，黃軫、陳天華即被派回湘之運動員也。[1]
關於軍國民教育會的性質，早在60年代，金衝及、胡繩武先生即作過考證，指出在秦毓鎏等人發表改變宗旨意見書之前，軍國民教育會不是一個革命組織。[2]但該文似未引起充分注意。由於將引起的組織解體僅認作成員分化，以為團體依然存在，並朝著革命方向轉化，而此後海內外多數著述仍沿用舊說，張玉法便將該會列入《清季的革命團體》。直至近年，誤說還被一再重複。因此，全麵核實誤點，深入揭示誤因，就顯得很有必要。
1903年5月11日，學生軍正式改稱軍國民教育會，當日大會通過的《公約》明確宣布宗旨為：“養成尚武精神，實行愛國主義。”《臨時公約》亦稱：“此公約之目的在拒俄。”[3]軍國民教育會派遣運動員歸國，並不是為了發動革命，而是募捐籌款，聯絡同人，兩位特派員的使命更是向清政府及袁世凱請願。這樣一條上層路線，遭到上海軍國民教育會的反對。“學生軍之出現也，熱心如沸，而種族之界辨未明，欲運動偽廷與之共事。故特派員至上海，述前途方針，演說於愛國學社。吳敬恒首反對之。軍國民教育會之募捐啟，亦為《蘇報》所齒冷。”特派員北行失利，清政府誣指學生“名為拒俄，實則革命”，《蘇報》案的嚴酷事實以及上海同誌的尖銳批評，才使“會中方針漸變，受偽詔之激刺，電召特派員還東”[4]。