貫穿於清人瘟疫理論的是對“疫氣”的認識，實際上，當時各種文獻往往以“時氣”、“癘氣”、“疫氣”等名詞來指代我們所說的瘟疫。他們認為，瘟疫的出現，是由天地間因各種原因生成的疫氣所致[1]，疫氣熏蒸，為人所感觸。感觸的途徑則主要由口鼻而入。從這一認識出發，時人必然會認為，瘟疫是通過氣傳播的，也就是說，瘟疫的傳播途徑主要就是呼吸傳染。這也就是我們所說的主流的理論體係化的認識。不過，現有醫史學界的一些研究，則往往根據某些個別的論斷，認為時人已認識到多種傳播方式。比如，吳有性《溫疫論》的評注者認為：
他明確指出傳染途徑“有天受，有傳染”。這裏所說的“天”，不是指日月星辰之天，他補充說：“凡人口鼻之氣通乎天氣”，很明顯是指空氣；所謂“傳染”，則係指接觸傳染而言，其意甚明。[2]
蒲輔周也認為吳有性的論述說明了“致病因子是經過呼吸道的鼻子和消化道的口的途徑而傳染人人體的”[3]，明顯暗示了吳已認識到空氣和食物兩種傳播方式。
在對以上觀點進行評論之前，還是先看看他們據以得出結論的原文。
邪之所著，有天受，有傳染，所感雖殊，其病則一凡入口鼻之氣，本氣充滿，邪不易入……[4]
從這段文字中就可以看到，這裏的口鼻連用，指的明顯是呼氣的通道，而與現代意義上的消化道沒有關係。如果再看看以下文字，認識就會更加明確：
疫病，是天地不正之異氣，四時皆有，能傳染於人，以氣感召，從口鼻而入，不比風寒，乃天地之正氣，從皮毛而入，不傳染於人者也。[5]
至於說，“天受”和“傳染”中的“傳染”是指接觸傳染，初看頗覺在理，而且若僅僅拘泥於以上那段文字，作這樣的理解也沒有問題。但如將此置於清代溫病學的理論發展體係中加以理解的話，就會發現，事情並非如此簡單，因為《溫疫論》最主要的論點就是“戾氣說”，即認為不同於六氣的“天地間別有一種異氣”為瘟疫致病之原，既然認為氣為病原，傳播自然要是通過空氣，又怎會需要通過接觸傳播呢？[6]顯而易見，在理解古代醫籍中一些表述不是非常明確的論述時，絕不能斷章取義，而應將其置於作者本人總的思想體係乃至當時整體醫學思想發展脈絡中加以認識。如果對照一下以後一些醫家的論述，就會發現，吳有性所說的“有天受，有傳染”其實是說，瘟疫有的是感受天地間生成的疫氣而得，有的則是感觸病人的病氣而染。《疫痧草》中一段類似的論述將此表述得頗為清楚：