相對而言，當時建立在疫氣致疫這一觀念基礎上的病因認識要豐富、具體和複雜得多。傳統醫學對病因有著較為係統的論述，比如，張仲景《金匱要略》總結出了內、中、外三因，宋代的陳言在其所著的《三因極一病證方論》中，又提出了新的“三因說”，即認為七情致病為內因，六**感人為外因，飲食饑飽、叫呼傷氣、蟲獸所傷、中毒金瘡、跌損壓溺等為不內不外因。[4]就瘟疫而言，主要由外因所致，同時也與內因和不內不外因中的飲食饑飽等因素不無關係。其實從瘟疫的病因來說，無論是由七情導致的內虛還是飲食饑飽等因素都可看做是相對於疫氣這一外因的內因。盡管清人對瘟疫病因的認識非常豐富，但卻缺乏專門係統的論述，故此就內外兩個方麵對此作一總結。
（一） 內因
瘟疫由生物性病原引起，屬於外感疾病，因此根源在於外因，不過，在疫氣流行之時，個人的感染患病程度則明顯存在較大的差異，故內因也不可忽略。古人很早就認識到正氣不足會導致外邪內侵。這一思想在清代已成為無論是醫家還是一般文人均能明白的道理，諸如此類的言論可謂是俯拾皆是，比如，“然人氣稟厚，正氣旺，精神強固，氣血充和，呼吸之間，疫毒無自而幹”[5]；“蓋人平日攝養，使中氣能作得主，即遇毒染邪，皆旁行而不傷”[6]；“夏令暑熱炎蒸，濕濁上騰，人在蒸**熱迫中，設或正氣不足，最易感病”[7]。因此，時人在論及瘟疫時，往往會注意到這方麵的原因。
當時對人體內正氣不足而導致疫氣侵入這一原因的認識，基本可分成兩個方麵：
一是因為饑寒凍餒。大荒之年必有大疫，是古人一種普遍的看法，災荒戰亂對瘟疫的影響除後麵將談到的環境汙染因素外，時人還認識到，災荒戰亂所導致的饑寒也是瘟疫發生的原因，比如乾隆二十年（1775年），江南大旱，在各地出現“陰兵”“神燈”現象，次年，“春夏之交，疫癘遍鄉，邑民死者枕藉於路”。世人“或以為燈火之故”，而道光《分湖小識》的編纂者則指出：“然亦饑寒之所致也。”[8]道光三年（1823年），江南大水，次年六月，蘇州時疫盛行，有人認為，“蓋因饑寒之困釀而為癘疾之憂”[9]。馮桂芬在論及太平天國戰爭期間難民流寓之苦時也說：“衣食路絕，樹蔭以供寢臥，草根以充餅餌，寒暑莫禦，疫癘時作，死亡疾病，十家而九。”[10]