由於作為病原的鬼神相當神秘而模糊，在這一觀念指引下產生的病因認識也相對較為簡單，不外是個人或集體的道德不修或有違天和而受到上天的懲罰。清初山陰的陳士鐸曾指出：“瘟疫之證，其來無方，然而召之，亦有其故。或人事之錯亂，或天時之乖違，或屍氣之纏染，或毒氣之變蒸，皆能成瘟疫之病也。”[1]將“人事錯亂”視為產生瘟疫的原因之一。至於個人，患染瘟疫在不少論述中，也與道德因素密切相關。道德敗壞者常常會遭到瘟疫的報應，而品德高尚者則往往能夠在大疫之年幸免於難。比如，有一則故事指出有人因貪汙公款而染瘟疫：
道光十四年春，挑白茆河，起大工，動大眾，至四月十五日工竣後，疾疫忽興，在工一切人等，苟經手餘錢者，無不致病，死者不少，即或當時不病，災禍亦必隨至。可知此工所集錢文，皆眾戶努力捐輸，以救哀黎，從中染指，必致天罰也。[2]
而一些相反的例子則告知有人因多行善事而免於罹難：
昔，城中大疫，有白發老人，教一富室合藥施城中，病者皆愈，而富室舉家卒免於疫。後有人見二疫鬼過富室之門而相謂曰：此人陰德無量，吉神擁護，我輩何敢入哉。[3]
這些因果認識的出現，顯然是以鬼神司疫這一觀念為基礎的。