雖然有關鬼神致疫的觀念很早就有，並長期存在，但這種認識顯然難以有效地指導臨床醫療，古人很早就認識到疾病乃某種病邪所致，據《左傳》昭公元年（公元前541年）記載，在周景王四年（公元前541年），秦國名醫醫和就提出了“六氣致病說”，他說：“天有六氣，降生五味，發為五色，征為五聲，**生六疾。六氣曰：陰、陽、風、雨、晦、明也。”[23]此後，這種由氣致疾的認識不斷發展，逐漸總結出了六**病因學說，即將六**：風、寒、暑、濕、燥、火視為外感病的主因。[24]具體到瘟疫，在吳有性發明“戾氣說”以前，古人對傳染病病原的學說主要有時氣說和瘴氣說兩種。所謂時氣，即非其時而有其氣，古人謂之四時不正之氣，也就是王叔和所說的“春時應暖反大寒，夏時應大暖反大涼，秋時應涼反大熱，冬時應寒反大溫”（《注解傷寒論》卷2）。瘴氣說，即認為屍體腐爛或其他一些山嵐瘴氣等，彌漫在空氣中，人在吸入這些惡毒之氣後，便會導致疫病發生。[25]
在這些認識的基礎上，明末清初的吳有性結合自己的臨床觀察，提出了著名的“戾氣學說”。對吳的這一學說，現有的醫史著作均給予了高度的評價。
根據已有的研究和筆者的理解，吳有性的“戾氣學說”在病原上的創造性貢獻主要在以下三個方麵：
第一，瘟疫的病原並非傳統認為的四時不正之氣，他認為，“夫寒熱溫涼，乃四時之常，因風雨陰晴，稍為損益”，亦為天地之常事，仍不過是“常氣”[26]，“夫瘟疫之為病，非風、非寒、非暑、非濕，乃天地間別有一種異氣所感”[27]。這種異氣，吳在《溫疫論》中有時又稱之為雜氣、戾氣、癘氣、疫氣等。同時，這種雜氣或戾氣等，亦非“山嵐瘴氣，嶺南毒物”，它們“鹹得天地之濁氣，猶或可察”，“而唯天地之雜氣，種種不一……是知雜氣之毒亦然，然氣無形可求，無象可見，況無聲複無臭”[28]。