以上所述表明，江南擁有其他地區難以比擬的優良的自然條件和社會基礎，不過，這些優勢在構成江南繁榮富庶的促進因素或具體表征的同時，也為致病微生物的滋生、肆虐提供了便利。顯而易見，溫暖濕潤的自然環境勢必會成為各種微生物滋生繁殖的溫床，而密集的人口、便利的交通、頻繁的人口流動則又為那些致病微生物尋找宿主和擴散流傳準備了便利條件，同時，不時出現的天災人禍則又進一步為其肆虐提供了必要的易感人群。實際上，繁榮富庶的江南同時也是瘟疫的多發地區。
對於曆史上瘟疫發生總的確切狀況，由於曆史記載的缺失恐怕已很難知曉，而且由於目前尚未能對現存的史料進行全麵而深入的挖掘，就是比較全麵的了解，一時也還難以做到。不過，現有的一些粗略的統計，還是讓人可以對各個曆史時期瘟疫發生數量和江南在全國的地位產生一個大概的印象。根據張誌斌的研究，明清時期是曆史上瘟疫較為嚴重的時期，盡管可能存在各個曆史時期有關記載詳略程度不盡相同的偏差。就明清兩代而言，江浙兩省疫情的嚴重程度要高於其他省份。[1]這一點與張劍光對《清史稿·災異誌》中的疫情的統計是基本一致的。《清史稿·災異誌》記載了清初到同治末年共230年間的疫情，其中有疫年份為101年，各省的情況分別是：浙江23年，直隸、山東各19年，湖北16年，江蘇15年，山西8年，廣東7年，安徽6年，甘肅5年，陝西4年，雲南、廣西、江西各2年，河南1年。[2]在江浙兩省中，江南地區的有疫年份則為23年。由於《清史稿》的記載極不全麵，且有所偏重，所以，這一統計與實際情況肯定頗有些距離，不過還是大致可以看出，江浙至少是全國瘟疫的重災區之一。而表2-2根據記載相對全麵的陳高傭《中國曆代天災人禍表》所做的統計，似乎更能反映出江南多疫的特點。從表2-2中可以看出，與其他地區相比，江南的水災和疫災較為嚴重，尤其是疫災，占所有災荒總數的9％，遠遠超過全國4％的平均水平。而江南的疫災占全國疫災總數的25％，是江南災荒總數在全國所占比率（10％）的2.5倍。江南疫災的相對較多，由此可見一斑。這些表明，江南乃全國瘟疫最為頻發的地區。由於江南的文獻資料相對詳備，這一點未必一定完全符合曆史實情，但至少可以認為江南是一個疫病多發的地區。