北平地方和軍方兩個部門的聯合執法，結局極其失敗。早有準備的朱棣在抓捕行動當天，將張昺和謝貴抓住殺掉了。之後，朱棣迅速派人占領了北平九門，進而控製了整個北平的局勢。
這個時候的朱棣，已經再也沒有什麽顧忌了，中國人做事講究臉麵，所以無論何種烈度的爭執，就怕撕破臉，因為撕破臉就意味著可以不要臉。不要臉就意味著可以無所顧忌，雙方的角力，也就可以由暗戰轉為明戰。建文元年（1399年）七月，朱棣在北平起兵，並且打出了“清君側”（意思是鏟除皇帝身邊的奸賊）的旗號。不過，具有諷刺意味的是，朱棣的這個“清君側”的概念，固然是受到了當年西漢七國之亂的啟發，但理論基礎卻也是父親朱元璋的《皇明祖訓》。
搬出《皇明祖訓》，最重要的目的還是要證明自己出兵的合法性。既然是按照祖訓，要替建文帝鏟除周圍的奸佞，那麽這次軍事行動就要有個好聽的名字，而不能隨隨便便地喊一個“南討”“北伐”之類的爛口號。朱棣的智囊團們搜腸刮肚，想出了“靖難”這個詞，意思是平定叛亂。而這場戰爭，也被後世稱為“靖難之役”。
所以說，就怕流氓有文化。明明自己出兵的性質就是以下犯上，是以地方犯中央的叛亂，卻要從理論上拔高，說成是自己去幫皇帝平定叛亂。這種殺人又誅心的戰術，是中國古代戰爭中極其重要的環節。戰爭的合法性問題，意味著古代儒家道德的製高點，提前掌握天下蒼生的人心向背。或者至少把水攪渾，讓天下蒼生感到莫衷一是，感到無論幫誰都是錯，不如安靜地做一個吃瓜群眾，是很必要的。
靖難的戰鬥檄文一經發出，就意味著南北雙方的正式宣戰。
這個時候的建文帝朱允炆，還沒有完全意識到事態的嚴重性。他本以為僅靠北平的地方部隊，就可以解除掉朱棣的常備武裝。即便是偷襲不成，兩方開戰，區區的北平一城（見圖4-2），也會馬上陷入四麵受敵的窘境。北麵是北元的蒙古勢力，蒙古人這些年因為零星戰鬥，跟朱棣結下了不少梁子；西邊出居庸關不遠，是朝廷的大同駐軍；東邊走濱海大路，就是朝廷的山海關駐軍；北平南麵，則是朝廷軍隊的兩個駐軍要塞—河間、真定（河北正定）。東、西、南三個方向上，朱棣都麵臨極大的軍事壓力，如果朝廷安排三個方向夾攻的話，朱棣也隻能窩在北平。然而吊詭的是，從結果來看，自始至終，在三個方向上的朝廷軍隊，都沒有形成真正的合力。