一切曆史都是當代史，都是時人表達自己立場和觀點的記錄。我們今天所能看到的文字，基本上都是說劉基是因為朝廷聖旨而被降職，背後搗鬼的是方國珍。但事實上，這個理由經不起推敲。今天我們翻開《故誠意伯劉公行狀》《劉公神道碑銘》《明史·劉基傳》等權威作品，都看不到其中有描寫劉基與朱元璋之間微妙關係的文字，反而把劉基辭官的責任推給方國珍，實在是耐人尋味。
首先，提拔石抹宜孫為二品大員，當然需要聖旨，但處罰一個小小的劉基，也需要朝廷下旨嗎？而且需要和擢升石抹宜孫的寫在一起？冷靜地想一想，這顯然是不大可能的。不是不能節約用紙，是劉基的級別遠遠不夠。
其次，石抹宜孫和劉基根本不是簡單的上下級關係，更是生死之交，患難兄弟。石抹宜孫為人正直，為朋友兩肋插刀根本不算什麽。劉基遭到貶斥，當時掌握一方軍政大權，即將官居正二品的石抹，怎麽可能袖手旁觀，怎麽可能心安理得地接這個旨，怎麽可能把自己的幸福建立在別人的痛苦之上。何況，他馬上麵對的又不是幸福，而是滅頂之災。
再次，石抹宜孫留下劉基其實也是幫自己。朱元璋已經開始進攻處州，多一個人就多一份力量，而劉基帶給他的幫助，甚至可以頂幾萬雄兵。我們馬上就可以看到，第二年，離了劉基的出謀劃策，石抹宜孫就被朱元璋打得節節敗退，丟失了處州全境，一直逃到福建，更在次年不幸遇害。即使這樣，石抹宜孫也不來求劉基幫忙，後者也不對好朋友伸出援助之手。除非石抹宜孫對劉基已經完全無法信任，否則他一定會極力挽留的。於人於己，於情於理，他都應該這樣做。
最後，方國珍是和劉基有過節，但可不是什麽壞事都是他的主意。至正十八年的方國珍，已經是沒有多大追求的海盜。他占領了富庶的台州、溫州和慶元三路之後，又接受了招安，和石抹宜孫已經不打仗了，小日子過得蠻不錯，他搞劉基還有多大意義？方國珍最後的歸宿，也說明了他和劉基並沒有什麽血海深仇。