海事司屬於完完全全的內廷架構，隻要是從正規渠道出海的船隻，以及貨物都要在海事司登記，同樣海事司也有自己收取稅銀的權力，他們稅銀大部分移交給了戶部，一小部分直接運到宮裏麵去，而這筆轉運的銀子是不在賬目上的。
換句話來說，朝廷的銀子清清楚楚，皇帝有多少錢，徐有貞一點都不知道。
在成化二十八年，海事司改製之後，就成為了內廷隸屬機構，掛司禮監下，設置掌事太監一名，監察太監三名。
而掌事太監同樣都在司禮監掛執筆太監，因為事關重大，海事司的掌事太監一年之內要往返京師三次，麵聖匯報海事司之事。
海事司之中，掌握著從海外而來的大量白銀，高層管事的全是太監，不管是中樞的內閣，還是地方官，都不敢小看他們。
滿朝的官員都知道一件事情，那就是海事司有陰陽賬簿，兩本不同的賬簿，一份是公開的，允許戶部，乃至內閣查賬，而另外一份就是保密狀態的，隻有宮裏麵才有權力查看。
在金銀幣鑄造出來後，徐有貞專門提了一嘴海事司，說白了就是想看一眼海事司被隱藏起來的賬本。
皇家在這麽多年中，到底積累了多少的財富，也能從賬本上看明白。
雖然，在徐有貞的內閣生涯中，對皇帝陛下一直保持著尊崇，幾乎做到了說什麽辦什麽，可在海事司的問題上麵，兩者之間還是存在著一些小的分歧。
徐有貞認為海事司現在都已經脫離朝廷的框架，長期以往的發展下去，會成為朝堂的毒瘤，而皇帝陛下卻認為，在官僚體係下的管理下，海事司想要完成最遠處的野蠻積累，是很有難度的，所以，此時的朱見深便一直主導海事司的獨立。
海事司手下數百家大型海商，他不僅是出海的商人與江南的工坊合作的樞紐，還是收取海商每次出海的稅銀，而且還售賣武器船隻。