洪武時期, 官方醫療機構分為皇家專用，和地方醫事。
皇家專用，其中最著名的太醫院是五品衙門, 設令一人，丞一人，吏目一人，屬官禦醫四人，專供居住在皇宮的朱家男人服務，朱元璋、朱標、朱雄英，以及尚未成年的皇子們。
洪武二十二年, 太醫令改為院使，丞改為院判，再後來院判增設為兩人，吏目十人, 屬官禦醫十人，以及若幹後備醫士。
太醫院衙門位於宮外, 皇宮占地麵積寬廣, 宮內貴人有個頭疼腦熱, 傳喚太醫來回需得一兩個時辰，貴人病痛哪能耽誤這許久。
於是在宮內令設一機構, 名為禦藥局，主要職責是管理藥材。
禦藥局設尚藥、奉禦兩人, 直長兩人, 藥童十人，均由宮內的太監、宮女擔任, 同時要求太醫院的禦醫，每日四人同院使、院判共入禦藥局輪值, 專為皇帝及皇子們服務。
還有一典藥局，職責與禦藥房基本相同，但其屬於東宮六局之一，專為皇太子一家服務，目前也就是服務於朱標和朱雄英。
再有尚食局的司藥服務於後宮諸妃，安樂堂服務於皇宮內官，以及月子房專為後妃產育服務。
除了以上皇宮部分，還有王府良醫所，專門服務於分封出宮的諸王。
地方醫事的主要代表是惠民藥局，專為貧民提供醫藥服務，當然雖有優惠，但非免費。
其中太醫院禦醫的主要來源為醫戶、外訪保舉、捐納三種渠道。
史書記載，朱元璋將於洪武十三年創立黃冊製度，類似於現代戶口本，不一樣的地方是他按照職業，把百姓分為民、軍、匠三類，且必須子承父業，不可擅自變亂。
換而言之，父親當兵，兒子也得當兵，孫子也得當兵，世世代代都得當兵，父親打鐵，兒子也得打鐵，孫子也得打鐵，世世代代都得打鐵......