玉田、粟縣的攻防戰一直持續了三個多月，以多爾滾率軍撤回山海關宣告結束。
此戰，吳三桂、耿仲明、尚可喜等偽軍部隊傷亡二十一萬人馬，清軍傷亡近四萬人，而玉田防線和粟縣防線固若金湯。
眼見己方傷亡慘重，士氣低落，明軍士氣高昂，且援軍源源不斷抵達，再加上寒冬將近，多爾滾不得不下令撤軍。
隨後，朱有兼任命秦良玉為總司令，藍方為副司令，軍師顧君明為參謀總長，指揮第一二戰鬥群打響收複山海關的戰鬥。
三百多門大小口徑的大炮對著山海關狂轟濫炸，偽軍和清軍雖然想死守這座堅城，但在漫天炮火轟擊下傷亡慘重，加上城裏的百姓和偽軍不堪忍受清軍的欺辱，自發地組織起來，裏應外合，打開城門，迎大軍殺進城裏。
清軍和偽軍倉皇撤退，因城池失陷太快，多爾滾挾裹全城百姓退回關外，放火焚城的計劃破產，阿濟格等名將也在混亂中被狙擊手狙殺。
大軍收複山海關後，朱有兼運來大量的水泥和泥瓦匠，重新修築傷痕累累的山海關城，大明進入兩年的休養生息期。
在收複山海關的戰鬥期間，大明境內先後爆發十幾起由士族豪強策劃的暴亂，但都被孫傳庭、藍方、紅娘子率軍鐵血鎮壓。
最大最危險的一次暴亂是由東林黨和京師的士族豪強聯手策劃，他們趁前線戰事吃緊，第三戰鬥群緊急往增援的時候，通過收買等手段，先控製京城四座城門，然後集中兵力進攻皇宮，隻差那麽一點就攻破皇宮，殺進宮裏，把狗昏君弄死了。
不過，他們不知道，這是朱有兼給他們挖的大坑，甚至以自己為誘餌，把徐玉統領的第三戰鬥群調往玉田防線，京城隻留下常不周的皇家近衛團守衛皇宮，等到這些人發動叛亂的時候，徐玉率第三戰鬥群殺了一個回馬槍。