帝甚歎異之，授秘書省正字，令直中書省，仗內供奉。尋除監察禦史。
文明年，遷殿中侍禦史。其年，徐敬業據揚州作亂，左玉鈐衛大將軍李孝逸督軍討之，則天詔元忠監其軍事。孝逸至臨淮，而偏將雷仁智為敬業先鋒所敗，敬業又攻陷潤州，回兵以拒孝逸。孝逸懼其鋒，按甲不敢進。元忠謂孝逸曰：
“朝廷以公王室懿親，故委以閫外之事，天下安危，實資一決。且海內承平日久，忽聞狂狡，莫不注心傾耳，以俟其誅。今大軍留而不進，則解遠近之望，萬一朝廷更命他將代公，其將何辭以逃逗撓之罪？幸速進兵以立大效，不然，則禍難至矣。”孝逸然其言，乃部勒士卒以圖進討。
時敬業屯於下阿溪，敬業弟敬猷率偏師以逼淮陰。元忠請先擊敬猷，諸將鹹曰：“不如先攻敬業，敬業敗，則敬猷不戰而擒矣。若擊敬猷，則敬業引兵救之，是腹背受敵也。”元忠曰：“不然，賊之勁兵精卒，盡在下阿，蟻聚而來，利在一決，萬一失捷，則大事雲矣。敬猷本出博徒，不習戰鬥，其眾寡弱，人情易搖，大軍臨之，其勢必克。既克敬猷，我之乘勝而進。彼若引救淮陰，計程則不及，又恐我之進掩江都，必邀我於中路。彼則勞倦，我則以逸待之，破之必矣。譬之逐獸，弱者先擒，豈可舍必擒之弱獸，趨難敵之強兵？恐未可也。”孝逸從之，乃引兵擊敬猷，一戰而破之，敬猷脫身而遁。孝逸乃進軍，與敬業隔溪相拒。前軍總管蘇孝祥為賊所破，孝逸又懼，欲引退。初，敬業至下阿，有流星墜其宮，及是，有群烏飛噪於陣上，元忠曰：“驗此，即賊敗之兆也。風順荻乾，火攻之利。”固請決戰，乃平敬業。元忠以功擢司刑正，稍遷洛陽令。
尋陷周興獄，詣市將刑，則天以元忠有討平敬業功，特免死配流貴州。時承敕者將至市，先令傳呼，監刑者遽釋元忠令起，元忠曰：“未知敕虛實，豈可造次。”徐待宣敕，然始起謝，觀者鹹歎其臨刑而神色不撓。聖曆元年，召授侍禦史，擢拜禦史中丞。又為來俊臣、侯思止所陷，再被流於嶺表。複還，授禦史中丞。元忠前後三被流，於時人多稱其無罪。則天嚐謂曰：“卿累負謗鑠，何也？”