東南倭患棘，文華獻七事。首以祭海神為言，請遣官望祭於江陰、常熟。次訟有司掩骼輕徭。次增募水軍。次蘇、鬆、常、鎮民田，一夫過百畝者，重科其賦，且預徵官田稅三年。次募富人輸財力自效，事寧論功。次遣重臣督師。次招通番舊黨並海鹽徒，易以忠義之名，令偵伺賊情，因以為間。兵部尚書聶豹議行其五事，惟增田賦、遣重臣二事不行。帝怒，奪豹官，而用嵩言即遣文華祭告海神，因察賊情。當是時，總督尚書張經方征四方及狼士兵，議大舉，自以位文華上，心輕之。文華不悅。狼兵稍有斬獲功，文華厚犒之，使進剿，至漕涇戰敗，亡頭目十四人。文華恚，數趣經進兵。經慮文華輕淺泄師期，不以告。文華益怒，劾經養寇失機，疏方上，經大捷王江涇。文華攘其功，謂己與巡按胡宗憲督師所致，經竟論死。又劾浙江巡撫李天寵罪，薦宗憲代，天寵亦論死。帝益以文華為賢，命鑄督察軍務關防，即軍中賜之。文華自此出總督上，益恣行無忌。欲分蘇鬆巡撫曹邦輔滸墅關破賊功，不得，則以陶宅之敗，重劾邦輔。陶宅之戰，實文華、宗憲兵先潰也。兵科給事中夏栻得其情，劾文華欺誕。吏科給事中孫浚亦白邦輔冤狀。帝終信文華言，邦輔坐遣戍。文華既殺經、天寵，複先後論罷總督周琉、楊宜，至是又傾邦輔，勢益張。文武將吏爭輸貨其門，顛倒功罪，牽製兵機，紀律大乖，將吏人人解體，征兵半天下，賊寇愈熾。文華又陳防守事宜，請籍閑田百萬畝給兵，為屯守計，而令裏居縉紳，分督郡邑兵事。為兵部所駁而寢。
官軍既屢敗，文華知賊未易平，欲委責去。會川兵破賊周浦，俞大猷破賊海洋，文華遂言水陸成功，江南清晏，請還朝。帝悅，許之。比還，敗報踵至，帝疑其妄，數詰嵩，嵩曲為解，帝意終不釋。會吏部尚書李默發策試選人，中言“漢武征四夷，而海內虛耗。唐憲複淮、蔡，而晚業不終。”文華劾其謗訕，默坐死。帝以是謂文華忠，進工部尚書，且加太子太保。是時，嵩年老，慮一旦死，有後患，因薦文華文學，宜供奉青詞，直內閣。帝不許。而東南警遝至，部議再遣大臣督師，已命兵部侍郎沈良材矣，嵩令文華自請行，為帝言江南人矯首望文華。帝以為然，命兼右副都禦史，總督江南、浙江諸軍事。時宗憲先以文華薦代楊宜為總督，及文華再出，宗憲欲藉文華以通於嵩，諂奉無不至。文華素不知兵，亦倚宗憲，兩人交甚歡。已而宗憲平徐海，俘陳東，文華以大捷聞，歸功上玄。