廣州軍政府被岑春煊等人宣布撤消並與北方統一後，並沒有得到已經下野的孫中山等人認同。1920年10月31日，孫中山、唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯等以軍政府政務總裁名義通告中外，否認統一。緊接著，孫中山率伍廷芳、唐紹儀等自上海啟程前往廣東，準備在那裏重建軍政府。
孫中山認為，民國十年，禍亂相尋，實際上並沒有達到辛亥先驅所期待的共和境界，十年來的政治效果，不過是將滿洲人的統治權轉換到了腐敗官僚和複辟派手裏。在孫中山和南方革命黨人看來，北京政府實際不是民國的正統，不代表民國的法統，所以他們南方革命黨人要在廣東重建真正的民國，要將辛亥革命未竟的事業做成功。1921年4月7日，非常國會兩院聯席會議在廣州召開，議決中華民國政府組織大綱，選舉孫中山為大總統。孫中山知道自己大總統當選缺少正當性，或者用章太炎的說法是“非法的”，因而孫中山在當選為總統後，稱自己是非常大總統而不是正式大總統。
孫中山在就職後設法向各方麵疏通解釋，希望各方麵支持。對於章太炎，孫中山當然不會忘記，他在就職前就寫了一封熱情洋溢的邀請信，真誠邀請章太炎南來，攜手共進，共創偉業，重敘數年前攜手合作的故事。
對於孫中山的這些做法，章太炎並不以為然。他認為孫中山成立民國政府，就是一種非法行為，但他也知道，孫中山如果不能得到這個總統大位，他必然會向北方的徐世昌讓步，甚至可能會附北。而且，唐紹儀就在廣州，他可是徐世昌的密友，所以此時反對孫中山，就等於讓徐世昌和唐紹儀南北統一的陰謀得逞。基於這些判斷，章太炎一方麵建議孫中山將廣東地方自治事務全部交給廣東省長陳炯明；另一方麵建議孫中山不得反對各地正在進行的聯省自治。