石敬亭兼任西北陸軍幹部學校校長期間，致力於軍事教育，每天都親自到操場和講堂檢查，夜晚還要到各隊點名，並和學生談話。早操時集合學生，親自點評訓練情況，甚至親作示範。此公經驗豐富，講解生動，所以深受學生歡迎。他有些言論，寓意深刻。如他講到忍耐的重要性，說：“軍人須有忍人之所不能忍，耐人之所不能耐的精神。在大風大雨大雪中能站穩的人，才是真能救國的人。在被人打掉了牙時，要連血吞下去。”他舉例說，當初他辭掉在綏遠的上校職務，來第十六混成旅投效，馮玉祥隻給他一個額外差遣的名義，每月發給生活費十五元，如果他不能忍耐，哪裏會有今天。又一次他講到“好整以暇”，他發揮說，作為一個軍官，應在“好整以暇”上下工夫，所謂好整以暇，就是人亂我整，才能人忙我暇。平時用功，到有事時就顯得很閑暇，可以不慌不忙。
北伐戰爭之後，馮玉祥到南京任職，離豫前，把石敬亭調回第二集團軍總司令部，讓他以總參謀長身份主持第二集團軍的日常工作，以秦德純副之。過了不久，南京政府召開編遣會議，將第二集團軍列為第二編遣區，石敬亭主持編遣工作。該集團軍當時有四十萬人左右，需要遣散一半以上，相當棘手。尤其是高階將領，留誰去誰，煞費斟酌。進行編遣時，韓複榘部改編為第二十師，馮便想以這一師為突破口，遂把韓升為河南省政府主席，第二十師師長一職由保定軍校出身的李興中接任。這一措施，不僅韓複榘個人不滿，認為是削去他的兵權；其他行伍出身的將領，也都對石敬亭表示不滿，認為是他在馮玉祥麵前獻計進言，企圖奪取軍隊的控製權。因此，後來韓複榘、石友三等叛馮投蔣時，都把反對石敬亭作為一個借口。平心而論，石敬亭的主張，不失為改造馮玉祥部隊的一種方法，可惜為時太晚了。韓、石叛變之後，馮玉祥軍中有些人也認為石敬亭對馮部的團結起了破壞作用，石敬亭有口難辯，以後他辭去了總參謀長職務，不再多提意見了。