邱清泉識大體顧大局，平日訓勉僚屬部曲，深忌軍人幹政，在其所著《建設現代國防應有之認識》一文中曾謂：“參謀總長純為軍事長官，在民主政治時代，彼固不可在政治上提出主張，更不可參預任何政治活動，而嚴格保持其軍人身份，是乃應有之紀律與風度也。”又謂：“民主政治，政黨鬥爭，時行紛亂，國防軍紀避免幹涉，以卻怨尤。其有擾亂公安者，厥惟由團警任之。”故處理昆明學潮，邱先生雖係參預雲南警備總司令部策劃作業，但在其思想上是矛盾的，感情上是痛苦的。
較之民國前期的老參謀，他們當時運不濟，灰心感、無力感降臨，往往借助信奉怪力亂神，到了邱清泉這一代新軍人，則除了清醒的頭腦、卓越的膽識，尚有對民主精神的信奉，對遊戲規則的遵守。留學的教育背景畢竟不同，西方的普世價值對其人品及行為方式具有根底上的影響。他的參謀生涯不長，以後是自己給自己當參謀。他牢騷式的對國防部參謀部的懷疑，乃是參謀生涯的延伸，正像戀愛中的嫉妒和懷疑一樣，往往百發百中，他眼中的鬼影憧憧，亦絲毫不差，不幸而言中。
他處理昆明學潮事件，和舊軍閥的顢頇做法確有不同，冷靜、理性，且和教授裏的頭麵人物直接對話，而能大體穩盤，這在板**紊亂的局勢中確需頭腦和手腕。而他的手腕的心理背景，就來自於他做幕僚時節的修養和知識儲備。
1944年在反攻龍陵之前，第五軍駐於昆明郊外之北校場。為了回應大學教授的質詢，他與西南聯大眾教授舉行座談會。聞一多、李公樸、馮友蘭、楊西孟、潘光旦等參加。
當時西南聯大民主思潮噴湧，言論尺度激烈。而國民黨省黨部形同虛設，對聯大師生畏之如虎，不特不能對壘，甚至予以附和。邱清泉軍書傍午，但他還是動了主動了解溝通的念頭，乃決定由政治部副主任吳思珩和西南聯大訓導長查良釗先生接頭，以邱軍長出麵邀請這幾位教授參加座談會，希望從座談會中他們所發表的言論去了解他們的態度。當時基層中小縣市黨部的執行委員，不要說大學畢業生是絕無僅有，就是高中畢業的人也很少。他們智識程度這樣幼稚，要讓他們督促縣長，或與左翼知識分子對話，擘畫地方行政建設，自是不可能之事。由他們惹起的糾紛，也往往是雞毛蒜皮低層次的笑料，一旦被人利用，小禍就變成大禍。所以像邱先生這樣的高階將領，還要在戎馬倥傯的關頭，拿出國學西學的底子，來和社會的一部分人交鋒，也真令人感慨不盡的了。