可是事情到此並未徹底結束。前麵說過，武則天要鞏固皇後的位置，必須對外廷重新進行優化組合。把反對她的人清除出去，把擁護她的人請進來。而在打擊反對派這個問題上，她是分兩步走的。第一步，清除反對派中勢力相對小的褚遂良、韓瑗、來濟，把他們貶往地方。第二步，在外圍組織已經被清理之後，再清除反對派的核心力量長孫無忌。這樣做是為了慎重起見，避免一下子打擊麵過大，造成政局不穩。換句話說，就是讓反對派心存幻想，逐步喪失鬥誌，最後坐以待斃。現在，長孫無忌已經倒台，唐高宗和武則天再沒什麽顧忌了。他們終於可以施展手腳，把反對派一網打盡。
於是，長孫無忌謀反案的基調剛剛確定，許敬宗又奏：
“無忌謀逆，由褚遂良、柳奭、韓瑗構扇而成；奭仍潛通宮掖，謀行鴆毒，於誌寧亦黨附無忌。”
這樣一來，所有當年未曾追隨武則天的元老重臣無一漏網，連一言不發、唯恐惹禍上身的於誌寧也未能幸免。至此，這些人全部被免去了所有官爵。
這還不夠。三個月之後，唐高宗下令讓李勣、許敬宗等宰相進一步追查長孫無忌謀反案。許敬宗接旨後，派中書舍人袁公瑜到黔州去錄長孫無忌的口供。袁公瑜可是當初第一批擁護武則天當皇後的人，裴行儉和長孫無忌議論武昭儀就是他告的密。當時他還僅僅是一個大理丞，八品官，現在他已經做到五品的中書舍人了。那麽，袁公瑜是怎樣錄口供的呢？其實他根本不需要錄，他直接對長孫無忌說，你還是自我了斷吧，省得我再費一把力氣。長孫無忌見大勢已去，長歎一聲，就地自殺了。
隨後，唐高宗又下詔將王皇後的舅舅柳奭和韓瑗斬首。古人雲：覆巢之下，焉有完卵！隨著這批老臣的死去，他們的家族也遭受了滅頂之災。成年的兒子都被處死，其他近親皆流放嶺南為奴婢，遠親受株連貶官的就更多了。長孫無忌的兩個兒子長孫衝和長孫詮，都是駙馬；一個尚長樂公主，一個尚新城公主，兩個公主都是唐太宗與長孫皇後的女兒。他們此時即使貴為駙馬也未能幸免於難，被一同杖殺。長孫無忌謀反既然是由前太子李忠被廢引起的，梁王李忠也就順帶著被牽連進來。顯慶四年（659年）七月，李忠被廢為庶人，安置在黔州廢太子李承乾的故宅裏。