宋江誓要破城複仇，下令四麵強攻，梁山眾將傷亡慘重：雷橫、龔旺戰死在南門；索超性急，中了誘敵之計，與鄧超一道死在北門；鮑旭也死於混戰之中。苦戰多日，終於拿下杭州城。方天定被張順的魂魄纏住，不能走脫，被張橫斬了頭顱。宋江終於奪得杭州城，連日苦戰，已是損兵折將，侯健、段景住在混戰之中落水而亡；阮小二、孟康戰死；解珍、解寶兩兄弟在烏龍嶺探路，被敵軍伏擊，墜崖而死，屍體被吊起來風幹。宋江不忍，親自率軍前去搶奪屍身。吳用勸道：“敵軍一定設伏，不能去。”宋江不聽。吳用連忙調來武鬆等人前去救護。宋江這一去，果然中了大元帥石寶的埋伏，關勝、花榮、魯智深、武鬆、秦明等將舍命衝殺，救回宋江。解珍、解寶得以入土為安。
宋江繼續進兵，兵臨睦（讀mù）州。這是方臘最後一座大城，守將鄭彪擅使妖法，宋江派王英等將率先尋戰，鄭彪作起法來，頭頂冒出個金甲天神。王英被嚇住了，被鄭彪一槍戳中心窩。扈三娘拍馬上前，那鄭彪又從懷中摸出一塊金磚，打死了扈三娘。項充、李袞想在宋江麵前表功，追殺鄭彪而去，卻被亂箭射死。武鬆使兩口戒刀直取鄭彪，被天師張道乙一劍砍中左臂。魯智深手持禪杖奮力殺去，救下武鬆。武鬆眼見左臂已斷，隻剩一點肉皮連著，自己用戒刀直接割斷。魯智深發起狠來，追著方臘軍隊奔到深山裏去。混世魔王樊瑞作起法來，關勝趁機斬了鄭彪。混戰之中，馬麟、燕順、呂方、郭勝都戰死了。
為什麽吳用的計策到後來不管用了？
從前攻打各州縣，吳用總是算無遺策，讓梁山戰無不勝。唯獨到了南征方臘的時候，吳用似乎再沒有出過什麽計策。唯一一次“用計”是勸宋江不要中計、落入敵軍的圈套。事實證明，吳用這次判斷也是對的，吳用的計策從來沒有不管用過。