蕭何幫助呂後殺掉韓信，替劉邦剪除了一大塊心病。劉邦征伐陳豨回來後，大加賞賜蕭何，不僅加了封邑戶數，還派都尉率500士兵護衛相府。起初，蕭何沒想到自己會成為劉邦的心病，後來經召平點撥才恍然大悟這是明賞暗防，嚇出了一身冷汗，不得不想法保全自己。
劉邦曾在洛陽南宮舉辦慶功宴時說過，他搞謀劃，定戰略，比不上張良；他留守後方，搞後勤民政，比不上蕭何；他統率軍隊作戰，攻城略地，比不上韓信。但他可以運用好這三個傑出人才。項羽隻有範增一個傑出人才，還猜忌範增，不能真正重用。所以，項羽才會失敗。
蕭何想起這一幕，驀然發現韓信已經死了，張良也修仙去了，隻有他活著。他是“開國第一侯”，位列眾卿之首，皇帝猜忌他也不難理解了。
還有一件事令蕭何嚇得一身冷汗。
劉邦親自出征時，總是蕭何負責留守後方，籌集和輸送糧草。每次糧草送到前方，劉邦都會親自問使者：“蕭相國在做什麽？”使者的回答常常是溢美之詞。劉邦聽罷總是默不作聲。
為了保全自己，蕭何故意在劉邦征英布期間賤價強買民間的田地和住宅。劉邦回來時，攔路告蕭何狀的百姓非常多。劉邦將那些狀紙給蕭何看，讓蕭何去給老百姓請罪。蕭何不僅沒忙著去向百姓請罪，還請求劉邦開放上林苑，允許百姓砍柴打獵。劉邦一氣之下，下令將蕭何關進大牢。
幾天過後，在王衛尉提醒下，劉邦意識到對蕭何的處置有點過分，就下令赦免他的罪行。此後，劉邦待蕭何還是像以前那樣，但蕭何對國家大事越來越保持沉默。劉邦見蕭何很識相很配合，最終還是饒了他。不過，對其他異姓諸侯王，對他統治有危險、有野心的人，劉邦會毫不猶豫地鏟除，即使關係再好也不放過。