（1）患有血小板減少症或出血性疾病的孩子，肌內注射疫苗時可能會引起注射部位出血。
（2）對有慢性免疫功能缺陷的患者而言，即使基礎疾病可能使其免疫應答受限，也推薦接種該疫苗。隻不過，正在接受免疫抑製劑治療或免疫功能缺陷者，接種本疫苗後產生的免疫應答可能會減弱。因此，疫苗接種應推遲到治療結束後，以確保其得到了很好的保護。
（3）未控製的癲癇患兒和其他進行性神經係統疾病（如格林-巴利綜合征等）患兒，應慎重考慮是否接種。
（4）已知對EV71疫苗中任何一種成分過敏者，發熱、急性疾病期患者，以及慢性疾病急性發作者均不得接種該疫苗。
此外，接種EV71疫苗後，若要接種其他疫苗，最好間隔2～4周，若要接種人免疫球蛋白，間隔時間要大於1個月。