80年代，元化先生一度曾為黨務官員，然而，先生的本質和氣質還是帶有傳統色彩的文人作家，或者說是兼具文采風流和辦事能力的知識分子、是陳同甫一流的人物。大陸知識界經曆了八十年代的批判“四人幫”和極左思潮之後，思想解放和啟蒙教育，受到廣泛的認同。王先生常說自己是“五四的兒子”，本著這個信念，他親自主編《新啟蒙》，目的在於推動文化改造和社會進步。到了90年代知識界出現了危機，有人批評80年代的思想解放運動是“空疏”“浮躁”，對於社會現實投入過多的關注是“舍其田而耘人之田”，是喪失了學術獨立……總之是要改弦更張。在高校和研究單位，人們紛紛表示要走回書齋做專業知識分子。這些現象被李澤厚先生概括為“思想家淡出，學問家凸現”。他說“90年代大陸學術時尚之一是思想家淡出，學問家凸現，王國維、陳寅格被抬上天，陳獨秀、胡適、魯迅則退居二線”（香港《二十一世紀》1994年第六期）。
書齋是回去了，然而真正有分量的學術著作卻也沒有出現多少，許多學者隻是呀呀學語式地稗販歐美出現的各種“新理論”，枯燥、煩瑣、無味、無趣，缺少原創性。學術界、知識界的不景氣，真給人以七零八落之感。
李澤厚的說法有對的一麵，也有說得不準確的一麵，因為這個時期還有幾位老人——如王元化先生、李慎之先生、何家棟先生等人在支撐著局麵，堅持著八十年代的啟蒙和反思，在思想界努力耕耘。他們如同老樹挾霜，梅花垂露，點綴著那個獨特歲月。至今思之，還令我們這些晚輩後學後輩汗顏。
王先生最重要的著作都是90年代問世的：如《傳統與反傳統》（1990）《文心雕龍講疏》（1992）《清園夜讀》（1993）《思辨隨筆》（1994）《清園論學集》（1994）《讀黑格爾》（1997）《清園近思錄》（1998）《談文短簡》（1998）等，雖然每本書的影響不同，但王元化這個名字不是作為學者，更不是作為官員被學人們記住的，而是作為思想的領軍人物得到知識界的廣泛認同。