到了萬曆年間，曾經一度輝煌的黃冊製度已是病入膏肓。
地方上豪強官吏肆虐，根本收不上來冊籍；就算收上來，也來不及解送；就算解送到了，內容也不合格；就算內容合格，也會因為駁查想斂財而被強行退回；就算不退回，順利入庫，幾年以後不是被水泡爛就是被老鼠蟲子咬完。
就算一切都很幸運，僥幸逃過天災，也沒什麽用。如前情所述，那種風氣下攢造出來黃冊，通篇充斥著埋沒、飛走、詭寄、影射、挪移等奸弊，早已無法反應基層的真實情況。萬曆三大賢之一的呂坤，直言不諱地指出：“十年冊籍，半不相同，沿舊稽新，漫無可考。”
比如隆慶年間，福建省福寧州的戶口數比起洪武年減少了三分之二，人口減少了五分之三。江南重鎮應天府更誇張，嘉靖末年的戶口數隻有正德年間的一半，到了萬曆一朝，則隻有正德年間的五分之一。
注意，這隻是黃冊賬麵上的數據。
實際上這些地區一無戰亂、二無天災，人口一直在增長，隻不過當地大戶通過包蔭、冒合、逃戶、隱匿、篡改等手段，把增長數給藏起來了。再加上大明對民眾的禁錮太嚴，極度追求穩定，物極必反，導致了逃戶的盛行。
正所謂“民不勝弊，破資鬻產，逃亡相踵”。這些放棄戶籍的老百姓成群結隊地離開原籍，四處遊**，形成明中後期蔚為壯觀的流民大潮。
比如在江南有一種令人稱奇的生活，叫作“船居浮**”。老百姓從原籍逃出之後，全家就住在船上，常年在江南縱橫交錯的河流上漂**。地方官府根本沒法管理，更談不上造冊交稅了。
其實地方官衙早就不把黃冊當回事了，他們自己搞了一套戶籍，叫作實征文冊，也叫白冊，裏麵記錄了當地人口、土地的真實——相對真實——情況，以方便管理，但是從不上報。《戶口總論》裏談及此事：“所謂黃冊，隻取應虛文，非其實矣。有司征稅編徭，自為一冊，曰白冊。”