客觀地說，由於人們認識能力的局限性，每一種理論都不是完美無缺的，總會存在這樣或那樣的不足和缺陷。與其他理論一樣，行為主義理論也受到了人們的批評、指責，其中比較重要的非議，有以下幾點：
一、錯誤地將人類等同於動物
行為主義者對人類心理的研究，往往以動物（如老鼠、鴿子）作為研究對象。一個無可爭辯的事實是，人類是不能簡單地等同於動物的。因此，無論多拉德和米勒如何辯解，批評者仍然認為像老鼠逃到安全隔間之事與其說是模擬人類的情況，不如說像一場滑稽劇；斯金納依據鴿子啄取彩色圓盤的研究結果，來解釋、推論人類的行為，也是非常可笑的。如此微觀、表麵、簡單的行為怎能和複雜、多變的人類行為同日而語？實質上，人類的行為更多地受自我意識支配，人有自由意誌和選擇的權利。人是有理性的，而不是僅僅受初級需要、內驅力所驅動的簡單的有機體。
二、行為評估信度、效度的質疑
行為主義者常常以行為評估的科學性和嚴謹性為榮。事實上，行為評估本身非常複雜，包括許多技巧的結合，與所謂嚴謹、客觀或心理測量的可靠性、有效性相差甚遠。例如，行為評估的信度就值得懷疑。不同的人對行為評定或記錄的方法各不相同，這點勢必造成行為評估缺乏穩定性。另外，行為評估過程是否真正測量出了其所要測量的事物？這點尤其值得關注。角色扮演情境中攻擊行為的次數是否就是一個人一般敵意水平的一個有效指標？觀察員對一個人在家裏所表現出的依賴行為的評分，是否就能準確地反映出這位觀察員不在場時的依賴情形呢？顯然，我們必須考慮觀察員對被觀察者的影響以及被觀察者表現的真實性等問題。此外，行為評估者往往隻依據較少的行為樣本就得出某一結論，其研究的生態效度到底有多大？其研究結果是否具有普遍性和代表性？其研究結論推廣的價值如何？