一、臨床觀察法
精神分析的研究方法主要是臨床法，即對個體做係統深入的考察。弗洛伊德從長期、大量的臨床觀察、治療上的探索開始，逐漸積累病例進行歸納，然後進行理論上的綜合與命名，從而建立起理論模型。臨床研究方法是人格心理學領域常用的方法，它有明顯的優勢和不足。
臨床法的最大優勢是能夠提供對各種人格現象和整體的人格機能的觀察材料。臨床法可通過詳細觀察病案，思考人格中的一些問題，進而形成無數的新假設。弗洛伊德就是依據年複一年的在治療室的觀察，建構、修正他的精神分析理論的。弗洛伊德據以建立精神分析的“可靠觀察的豐富性”由他的臨床病例所組成。他將與來訪者的談話記錄作為科學資料，將對這些資料的分析作為研究的科學方法。對弗洛伊德來說，成功的治療本身並非目的，而是為精神分析理論的可靠性提供證據。臨床法可以提供分析整個病程發展曆程的追蹤資料，為弗洛伊德提出人格發展的五階段論提供了實證基礎。
但是，臨床法的一個主要的缺陷是別人很難驗證所得到的觀察結果，也不容易形成可以在嚴格控製的實驗室條件下進行檢驗的具體假設。而科學方法的基本要求是要有可靠的觀察方法和假設檢驗程序。弗洛伊德在成為精神分析家之前是一個優秀的生物學家，接受過嚴格的科學方法訓練。但他更看重臨床法的優勢，而寬鬆地對待實證原則。弗洛伊德不想去建立一種有關潛意識的實驗方法，也不歡迎別人試圖實驗性地去驗證他的觀點。20世紀30年代，美國心理學家S.羅森茨韋格作了一係列的實驗來支持精神分析的壓抑論，他把研究結果寄給弗洛伊德，談到他希望用實驗的方法檢驗精神分析理論。弗洛伊德在回信中非常簡潔地作了答複：“我頗有興趣地檢查了你們試圖驗證精神分析命題的實驗研究，我不會對這種實證給予很高的評價，因為這些命題所依賴的可靠觀察的豐富性使它們與實驗驗證無關。當然，這麽做是無害的”。