永曆元年，清順治四年。正月癸卯朔，帝在梧州。十六日戊午，李成棟以清兵取肇慶，帝奔平樂，瞿式耜從，諸臣多棄上自去，丁魁楚降於成棟，旋為成棟所殺。式耜奉帝由平樂如桂林。成棟盡取廣東屬郡，又取梧州、平樂、潯州。王坤又請帝入楚，式耜止之不得，請暫駐全州，疏言：“半年之內，三四播遷，兵心民心，無不惶惑。我進一步，敵亦進一步；我去速一日，敵來亦速一日。若去而不守，即拱手送敵，請得以身留桂。”乃進式耜文淵閣大學士，兼吏、兵二部尚書，留守桂林，以焦璉兵隸之。二月丙戌，十五日。帝幸全州，時定蠻侯劉承胤自武岡以兵入衛，駐全州。清兵取長沙，何騰蛟退衡州。孫可望連陷貴州列郡。三月乙卯，十四日。清兵攻桂林，式耜率璉拒戰，破之。清兵既退，承胤援兵至，反與璉兵主客不和，相擊鬥，大搶而去。承胤逐王坤，名尊朝廷，劫駕幸武岡，改其州為奉天府，政事皆決焉，跋扈遂不可製。李成棟聞桂林有主客釁，再來犯，焦璉複大破之，桂林獲全，成棟不複來窺。八月，璉複收陽朔、平樂，陳邦傅複梧州，全桂稍定。方擇日迎駕返桂林，而降將孔有德、耿仲明等以清兵又由湖南克寶慶，逼奉天，劉承胤降，帝走靖州，又如柳州，複奔象州。式耜連疏請還蹕桂林。清兵又連取永州、辰州，逼全州，何騰蛟禦卻之，複逼梧州，帝欲走南寧，道阻，乃還桂林。
二年，順治五年。正月丁酉朔，帝在桂林。是日，降將金聲桓偕其黨王得仁以南昌叛清來歸。得仁又克九江，尋引還。會聲桓攻贛州，而桂林有郝永忠敗兵入掠之亂，式耜被劫出城。帝走南寧，何騰蛟入援，清乘之取全州。式耜、騰蛟複入桂林。清兵直抵桂林北門，騰蛟督焦璉等大破之。閏三月，清曆作四月。李成棟又以廣東叛清，劫總督佟養甲來歸，乃迎駕還肇慶。騰蛟亦複取全州、永州、衡州，諸軍更連複寶慶、常德。既而軍帥內哄，爭駐軍地不相下，盡棄湖南新複州縣，楚事遂不可為矣。