崇禎十七年三月十九日，帝後殉國。四月十二日己巳，凶問至南京，時參讚機務南京兵部尚書史可法督師勤王在浦口，諸大臣會議立君，倉猝未定。親藩中福王、潞王避兵在淮上。前侍郎錢謙益、郎中周鑣、兵部僉事雷演祚入說兵部侍郎呂大器，言：“福王立，慮修釁三案。”大器遂與都禦史張慎言、詹事薑曰廣移牒可法，言：“福王倫序當立，而有七不可，曰貪，曰**，曰酗酒，曰不孝，曰虐下，曰不讀書，曰幹預有司；潞王賢明，當立。”可法亦以為然。鳳陽總督馬士英潛與阮大铖計，議立福王，谘可法。可法以七不可告之，而士英已與黃得功、劉良佐、劉澤清、高傑發兵送福王至儀真，於是可法等迎王。王名由崧，父常洵，以神宗愛子始封福王。
此為南都定策時已開眾正被擯之隙。三案之釁，皆涉鄭貴妃及福王。今之嗣福王立，將為東林患，固微屬東林私意，但積久之國釁，亦自以消弭為宜，且其七不可之說，實有所見，觀後來弘光不道，盡應其語。以倫序言，福王為神宗孫，乃烈皇從弟；潞王為神宗侄，乃烈皇從叔，其可嫌者甚微，而潞王兩世皆以輕財急公聞，詳具本傳，所謂賢明者不妄。明祚危懸絲發，擇君宜急，不得謂盡緣東林黨見也。故主立潞王者多為殉國正人。馬、阮成心翻覆，挾福王為奇貨，並以七不可之議告王，使與諸正人構怨，罪以二心，由是諸忠盡斥外。馬、阮當權，慫恿弘光為祖母複仇，盡翻逆案，促使南都一年而覆。若擁立稍得其人，當時明室氣脈相續，人望尚歸一，號令易行，即清人亦有顧忌，未嚐不以南北分疆為幸，何敢遽期統一哉？南都一下，情勢大變，既立福王，必至於此。一廢一興，天實為之，論明事者不能不歎息痛恨於馬、阮矣。
五月戊子朔，王入南京，謁孝陵及懿文太子陵，謁奉先殿，以西華門外內守備府為行宮。百官進見，王赧然欲避。史可法陳戰守大計，當素服郊次，發師討罪，示天下以必報仇之義。王唯不能答。庚寅，初三日。王就監國位，發大行皇帝喪，大赦，免新加練餉及崇禎十二年以後一切雜派，並十四年以前各項錢糧實欠在民者。旋以史可法、高弘圖、馬士英入閣，士英仍督鳳陽。方廷推閣臣，誠意伯劉孔昭以附和士英有擁立功，攘臂欲並列，眾以本朝無勳臣入閣例，孔昭勃然曰：“即我不可，馬士英何不可？”乃並推士英。又議起廢，推鄭三俊、劉宗周、徐石麒，孔昭獨舉阮大铖，可法以先帝欽定逆案沮之。士英聞以閣臣仍督師之命，大怒，以可法七不可書奏之王，而擁兵入覲，拜表即行，可法遂請督師，出鎮淮揚。丙申，初九日。士英入朝。戊戌，十一日。群臣勸進。先是，張慎言主即正位，可法以太子存否未確知，或南下，姑徐之。至是急勸進，遂定十五日壬寅即皇帝位，以明年為弘光元年。於是劉孔昭訐奏張慎言定策時有二心，高弘圖、薑曰廣皆乞退，太常少卿李沾又劾呂大器二心。初可法、弘圖、曰廣、慎言等皆宿德在位，將以次引海內人望圖治，而士英結操江劉孔昭、總兵高傑、劉澤清、劉良佐、黃得功等趣可法督師，留己輔政。以定策時有異議為二心，使諸宿德皆不安。而極力引大铖，大铖名在逆案。士英特言其山中致書與定策謀。又令孔昭及侯湯國祚、伯趙之龍等攻慎言，而薦大铖知兵。大铖複結太監韓讚周，因以遍結群閹，備言東林與鄭貴妃、福王之相厄，以傾可法等，而盛稱大铖才。遂命大铖冠帶陛見，旋以中旨起為兵部添注右侍郎。都禦史劉宗周力爭，乞寢成命，有旨切責。未幾，大鉞兼右僉都禦史巡閱江防，不數月而升尚書，悉引逆案中人，遍布言路，結勳臣劉孔昭輩，盡罷呂大器、薑曰廣、劉宗周、高弘圖、徐石麒諸大臣。士英獨握大柄，一聽大铖，日以鋤正人引凶黨為務。清兵南下，可法以聞，士英大笑不止。人問其故，士英曰：“此史公妙用也。歲將暮，將吏應敘功，軍資應稽算，此特為之地耳。”侍講衛胤文窺士英指，論可法督師為贅，即擢胤文兵部侍郎，督高傑所部兵以分督師之權，可法益不得調遣諸鎮，束手於北兵之來矣。