天啟七年八月乙卯，帝崩，是為二十二日，丁巳，二十四日。信王即皇帝位，大赦天下，以明年為崇禎元年。熹宗崩之日，信王奉遺詔，即夕入臨，居宮中，比明，群臣始至。時崔呈秀方改兵部尚書，奪情視事，比入臨，內使十餘傳呼呈秀甚急，呈秀入與忠賢密謀久之，語秘莫得聞，或雲：“忠賢欲篡位，呈秀以時未可止之也。”帝既即位於八月二十四日，至十月，乃罷崔呈秀。時閹黨自危，楊所修、楊維垣、賈繼春先後劾呈秀以嚐帝，呈秀遂罷。又削浙江巡撫潘汝禎籍，以其建祠作俑。而閹黨布在朝列，竟相持莫敢動。楊邦憲建祠疏至，帝閱而笑。忠賢辭建祠，輒允。乃僅於部屬中得主事錢元愨、陸澄源各一疏，又嘉興貢生錢嘉征一疏，論劾忠賢。帝召忠賢，使內侍讀疏，忠賢震恐喪魄，急以重寶啖信邸太監徐應元求解，帝斥應元。以十一月甲子朔，命：“忠賢鳳陽安置。”戊辰，初五。罷各邊鎮守太監。己巳，忠賢與其黨李朝欽行至阜城，自縊。崔呈秀聞之，亦自縊。十二月，客氏及其子侯國興、弟客光先與魏良卿皆伏誅，客氏詔赴浣衣局掠死，籍其家，良卿、國興、光先皆棄市，家屬無少長皆斬。客氏之籍也，於其家得宮女姙身者八人，蓋將效呂不韋所為，帝大怒，命悉笞殺之。詔天下所建逆祠悉拆毀變價。逮陸萬齡於獄，監候處決。崇禎元年正月，詔“中官非奉命，不得出禁門”。僇忠賢屍，寸磔，懸首河間。僧崔呈秀屍，懸首薊門。
崇禎之處忠賢當矣，罷各邊鎮守，禁中官出禁門。創巨痛深，宜有此明斷。乃未幾又悉用閹，至日後並城迎闖之曹化淳，正為帝之所尊信者，帝猶自謂“非亡國之君”，此讀史者所可論定也。
元年正月，大計天下吏。楊維垣以禦史佐計，以東林與崔、魏並詆，並堅持三案。是時柄國者皆忠賢遺黨，無敢頌言東林者。編修倪元璐首上疏一再駁正維垣，當局以互相詆訾兩解之，而公論乃漸明矣。嗣是閣中閹黨黃立極、張瑞圖、施風來陸續罷。立極先以山陰監生胡煥猷劾之，不自安求去。楊維垣猶論煥猷疑出東林指使，帝為除煥猷名下吏，亦允立極去。五月，從倪元璐言，毀《三朝要典》，焚其板。閹黨侍講孫之獬聞之，詣閣大哭，天下笑之。之獬後降清，入《貳臣傳》。於是罹忠賢之禍者多贈官賜諡，東林始不負罪於世，而閹黨猶持朝局，動以計陷右東林者。二年三月，始定逆案，分別磔、斬、秋後處斬及充軍、坐、徒、革職、閑住各等罪名，共二百餘人，諸奸亦多漏網者，維垣名在充軍之列。