居正既沒，言官攻擊不已，吳中行、趙用賢等以論奪情被杖，清議予之。至是號召群言，適中帝之積忌，而謗傷太過，適成順旨希榮之快捷方式。閣臣許國憤而求去，疏言：“昔之專恣在權貴，今乃在下僚；昔顛倒是非在小人，今乃在君子。意氣感激，偶成一二事，遂自負不世之節，號召浮薄喜事之人，黨同伐異，罔上行私，其風漸不可長。”自是言官與政府日相水火。
十四年二月，冊鄭氏為皇貴妃。妃有殊寵，先於十年八月，王恭妃生皇子常洛，至是鄭妃生常洵，進封貴妃，而王妃不益封，中外謂帝將廢長而立愛矣。給事中薑應麟請立元嗣為東宮，帝怒，謫應麟廣昌典史。吏部員外郎沈璟請立儲，謫行人司司正。大學士申時行率同列再請建儲，不聽。時以旱霾求直言，郎官劉複初、李懋檜等顯侵貴妃。時行請帝下詔，令諸曹建言止及所司職掌，聽其長擇而獻之，不得專達。帝甚悅之。於是言者蠭起，皆指斥宮闈，攻擊執政，帝概置不問，門戶之禍大起。
萬曆間言官封奏，抗直之聲滿天下。實則不達禦前，矯激以取名者，於執政列卿詆毀無所不至，而並不得禍，徒騰布於聽聞之間，使被論者愧憤求去，而無真是非可言，此醉夢之局所由成也。申時行當國，承張居正後，逆揣帝意，為此以濟其怠荒，養成止有朋黨而無政府之狀，政事軍事，一切不可為，其端實啟於此，庸主濟以庸臣，所以合而釀亡國之禍也。但亦間有因言事而受處分者，無非好逸惡勞，好奢惡儉，好聚斂惡用財而致然耳。
是年十月，禮部主事盧洪春上言：“陛下連日以疾免朝，享廟遣官恭代。若真疾耶，則當以宗社為重，毋務為逸豫以基禍；若非疾也，則當以詔旨為重，毋務為矯飾以起疑。”疏入，帝大怒，傳諭內閣數百言，極明謹疾遣官之故，責洪春悖妄，命擬旨治罪，閣臣擬奪官，不從，廷杖六十斥為民，給事禦史先後申救，奪俸有差。