1804年總統選舉時，伯爾沒能被列入總統候選人名單。當時新英格蘭的聯邦黨人平克理等人正策劃脫離聯邦，組織北方邦聯，許願幫助伯爾當選為紐約州的州長，以後再推選他擔任北方邦聯總統。漢密爾頓盡其全力在投票時挫敗了伯爾，並揭發了伯爾的卑鄙行徑。伯爾大為惱怒，邀漢密爾頓決鬥。1804年7月11日，兩人在新澤西州東北部的帕利塞茲丘陵決鬥。漢密爾頓身受重傷，次日逝世，時年49歲。
晚年的亞曆山大·漢密爾頓重歸於年輕時候信仰的基督教，但他在臨終之時要求紐約特尼提教堂為其舉行聖餐禮時，卻一度被拒絕，原因是他始終難以放棄“決鬥”這一有違基督教義的行為——他的死便是出於與副總統阿倫·伯爾的決鬥。當時漢密爾頓雖然答應了決鬥，卻因為基督教信仰而故意將子彈打偏。漢密爾頓的雄辯最終說服了教堂方麵，為其舉行了聖餐儀式。他說，他已經虔誠地懺悔，並願意與所有的人和解，包括伯爾。
按照決鬥的規則，漢密爾頓先開槍。奇怪的是，他發出的子彈離伯爾甚遠。而伯爾毫不手軟，一槍命中漢密爾頓的右胸。在整理漢密爾頓的遺物時，人們發現他決鬥前一天晚上寫的日記。
漢密爾頓在日記中說，自己明天不會開槍。為什麽漢密爾頓有此打算，而第二天他又開了於事無補的一槍，並造成自己悲劇性的死亡，個中原因，眾說紛紜，至今也沒有定論。漢密爾頓是代表商業集團、投機者、航運商和銀行家利益的極端保守者。他幼年遭遇坎坷，青年時代投身美國革命，立過戰功，因聯姻關係躋身於豪門階層。當他在1789年被任命為美國財政部長時，年方34歲，因富有行政組織才能，掌握聯邦政府的財政權力達6年之久，並控製著一個政黨——聯邦黨。最後因支持傑斐遜當選總統而死於非命。