在占領了巴比倫之後，古巴爾（有的資料稱他為烏格巴爾）被任命為巴比倫尼亞的第一任總督，統治兩河流域地區。後來他又被任命為兩河和河外省的總督。不過，不久他就死了。居魯士之子岡比西斯被任命為巴比倫的國王。如據Camb 42等文件，其注明日期為“岡比西斯，巴比倫之王，全國之王庫拉什之子的第一年”。這些文件屬於公元前538年，那時，波斯帝國的國王還是居魯士，而岡比西斯還未成為波斯帝國的國王。但岡比西斯任巴比倫之王的時間也隻有幾個月，隻到公元前537年的提別吐月12日，後來不知道什麽原因而被解除了巴比倫之王的職務。接替他管理兩河流域事務的是誰，我們沒有資料。
波斯人統治巴比倫尼亞初期，在形式上保存了巴比倫王國，采用了波斯人與巴比倫聯合的形式。居魯士自稱是“巴比倫之王，全國之王”。巴比倫尼亞地區的社會經濟結構也未發生重大變化。巴比倫城成了帝國的四個都城之一（波斯帝國的四個首都是愛克巴塔那、巴比倫、蘇撒和帕塞波利斯）。原來的一些地方官吏還在繼續行使自己的權力，當然是為波斯人服務了。經濟生活未曾中斷，各種商品的價格也基本未變。在宗教政策方麵，居魯士把那波尼德從巴比倫弄到外地去的神像重新運回了巴比倫。猶太人被允許回到耶路撒冷。
在巴比倫尼亞抨擊那波尼德的小冊子中說：
居魯士使巴比倫眾神的雕像回到了它們的神殿，他使它們的心得到滿足……每天都把食物放置在它的麵前……對巴比倫的居民來說高興的時候來到了……從監獄中釋放了出來。
在《巴比倫年代記》中說，居魯士“向巴比倫的居民宣告了和平，並讓軍隊待在遠離神壇的地方”。出自烏魯克的居魯士的銘文說：“我——庫拉什，喜歡艾沙基爾和艾吉都的全國之王，岡比西斯之子，強有力的國王。”