高校公用房短缺問題，很大一部分原因是公用房使用理念錯誤，管理機構設置不合理，分配管理辦法不科學，製度執行和監督不同步等。學校要根據自身的情況來建立科學合理的公用房管理分配係統，統籌學校發展方向和所處的發展階段，既要滿足當下用房需求，又要為長遠發展做打算。
（一）高校公用房管理機構存在的問題
高校公用房數量和種類很多。有的學校沒有專門的公用房管理部門；有的學校雖設有專門的公用房管理部門，但是管理部門太多，沒有一個主管部門，導致遇到問題無法協調。
目前，大多數高校普遍采取公用房兩級管理體係。學校唯一的房產部門作為一級管理單位，進行公用房管理辦法的製定和監督執行，並向學校最高領導機關負責；各學院及直屬、附屬單位作為二級使用單位，執行學校的公用房管理製度。兩級管理體係較好地解決了管理機構冗雜、權責不清晰等問題，但常常受到行政幹預，導致公用房管理辦法並不能嚴格執行，久而久之公用房管理體係就喪失了應有的作用。
（二）公用房使用理念存在的問題
傳統的行政分配公用房，使得教職工在申請、使用公用房時沒有成本的概念，管理者在績效考核時也沒有將公用房作為產出教育成果的一種資源。這就使得大家在使用公用房時無須考慮投入產出比，公用房使用量的大小無關乎教職工自身的利益，所以不能形成主動節約的理念。
（三）高校公用房管理的改革必要性及解決辦法
隨著高等教育市場化改革的深入，高校之間的競爭將非常激烈，高校要想在高等教育市場化的浪潮中占得先機，首先就要不斷提高自身的市場化管理意識，即如何運用有限的資源，產出高質量的高等教育。