由於方以智所言“心”的意義不一，導致其修養的工夫亦多種多樣。加上無人與之往複論說，其語大多是指點、啟示，一帶而過，很難理會。綜其所述，不外以下兩點：首先，以“公心”為前提的“盡心”或“空心”說，以及“複先天之初”的逆覺工夫。其次，由“獨心”或“小心”（認知心）而有的“學”的工夫。嚴格說來，根本不存在以“小心”這種認識心為理論背景的修養工夫。隻有基於道德本心，也就是說隻有以方以智所謂的“公心”為目標，才可能有道德修養工夫可言。其實，“學”之所以成為工夫，也是以“公心寓於獨心中”為基礎的，其最後的根據還是道德本心。從“源善流惡”的理論上來講，唯“盡心”與“逆”才是根本的工夫，而“學”最多隻是助緣的作用，但方以智所言“學”亦指向本心，如他說：“學當返聞逆入可知矣”，“學正回習還天之藥”，等等。可見他並沒有將“德性之知”與“見聞之知”嚴格區分開來，此非方以智不知，而是其“合諸家之異同”之學旨所致。對他而言，以上工夫都是旨在“打通內外”，都顯得重要，並且皆貫注於其中晚年各著作中，無分主次。