公元前401年，波斯帝國內部發生了對波斯帝國有著嚴重後果的小居魯士叛亂。小居魯士是大流士二世和王後帕莉薩蒂絲的兒子。大流士二世國王和王後有兩個兒子，一個是阿塔薛西斯（原名是阿爾沙克）；另一個就是小居魯士（原名就是居魯士，但因為波斯帝國的創立者叫居魯士，所以就把大流士二世的這個小兒子叫作小居魯士）。據說，小居魯士大約生於公元前423年。他是在大流士二世當上國王以後出生的（大流士二世是在公元前423年登上王位的）。在他叛亂前，他已經是波斯帝國駐小亞地區的幾個行省的總督和駐軍的司令，既有行政權又有軍權（公元前407年擔任呂底亞、大弗吉尼亞和卡帕多細亞的總督兼全部小亞細亞西部的軍事司令官），當時他年僅十七八歲。他還得到他的母後的寵愛。他本以為可以依靠母後的寵愛而成為國王，但大流士二世早已任命了大兒子阿塔薛西斯二世為王位繼承人，而且也沒有改變這個決定的意思。不過，王後可能是希望讓小兒子當國王的。
小居魯士發動的反對阿塔薛西斯二世的戰爭是在公元前401年。他之所以發動叛亂，主要原因有以下幾點：一，波斯帝國的王子們有爭奪王權的傳統（這從波斯帝國的第二代起就開始了，這就是岡比西斯的兄弟巴爾迪亞之爭，岡比西斯擔心巴爾迪亞會篡奪自己的王位，因而把他殺了。以後，幾乎帝國內每次王位更迭都會發生爭奪王位的戰爭或篡權陰謀）；二，母後帕莉薩蒂絲的寵愛與支持；三，他在擁有幾個行省總督的行政權和軍權後野心膨脹；四，公元前404年，國王大流士二世生命垂危。在他生命垂危時，他把自己的兩個兒子都召到自己麵前，當時，大兒子阿克沙爾，即後來當了國王的阿塔薛西斯二世就在國王身邊，小居魯士是從小亞趕去的。國王在不久後（公元前404年的3月）就死了。國王的長子阿爾沙克登上了王位，改名字叫阿塔薛西斯二世，他與梯薩弗尼斯的女兒結了婚。小居魯士回蘇撒參加父王的葬禮並參加新國王的登基典禮。前來參加這些活動的卡裏亞的總督蒂薩弗尼斯（也就是新國王的嶽父）在參加新國王的加冕禮時向登上了王位的阿塔薛西斯二世告密，說小居魯士蓄謀造反，想進行叛亂，反對阿塔薛西斯二世。他之所以向新國王告密有一個原因，就是小居魯士現在統轄的幾個省原來是在蒂薩弗尼斯的統轄之下的，即，那些行省是小居魯士從蒂薩弗尼斯那裏搶奪來的，他現在隻剩下了一個卡裏亞省，他的告密顯然有報複的嫌疑。阿塔薛西斯二世相信了這一誣告，於是逮捕了小居魯士，並準備處死他。但母後帕莉薩蒂絲偏袒小兒子，出麵為小居魯士說情，力保小居魯士，才使小居魯士免於一死，並於公元前403年的夏天釋放了小居魯士。而後小居魯士回到了小亞，並恢複了職務。但小居魯士憤怒至極。