個案研究可以依據研究對象、研究內容與目的進行分類。
1.從研究對象分類
（1）以個體為單位的個案研究，即單人的個案。如陳向明老師所做的“王小剛為什麽不上學了——一位輟學生的個案調查”，就是最經典的單人個案範例。再比如，北京市某小學一年級教師針對班級小A同學不能集中精力在課堂上學習數學的問題，采用觀察、訪談、實驗等方法進行個案研究。這項研究就是針對學生學業不良問題展開個案研究。
（2）以社會機構為單位的個案研究，即一個班級、一所學校、一個機關等的個案。如小學語文教師專業引領的現狀調查——基於C小學的田野研究就屬於此類研究。
（3）以社會團體為單位的個案研究，即學術團體、群眾組織等的個案。如北京市教育學會某專業委員會采用科學培訓與科學研究方式，不斷推出年輕的骨幹教師的個案研究，就屬於此類研究。
2.從研究內容、目的分類
（1）診斷性個案研究。這類研究主要用於考察特殊兒童，研究異常行為和患有生理疾病者等，目的在於對研究對象的問題現狀做出判斷。例如，案例小A同學上課集中精力學習數學困難的個案研究，需要采取診斷的方法，對其精力不集中的問題做出判斷，以便尋求出研究的對策。
（2）指導性個案研究。這類研究廣泛用於教育領域，如用新的教學方法或新的教育方案嚐試，然後將研究成果推廣到普遍的教育實踐中去。
（3）探索性個案研究。這類研究常用於大型研究的準備階段。例如，目前由於城市改造，北京地區小學生源明顯減少，市教委決定開展小班化教育研究。在全市正式開展小班化教育研究之前，市教委成立相關研究小組，對已有研究基礎的區縣進行探索性個案研究，以便為全市大規模研究做好規劃。