網站群的安全主要圍繞著《信息安全技術 信息係統安全等級保護基本要求》（GB/T 22239—2008）中提出的技術要求，主要包含物理安全、網絡安全、主機安全、應用安全、數據安全與備份恢複。
（一）物理安全
物理安全包括物理訪問控製、防盜竊和防破壞，防雷擊、防火、防水、防潮、溫濕度控製和電力供應。網站群的服務器都放置於數據中心機房內，參照等級保護第三級要求。網站群的物理環境要符合等級保護第三級要求，需要安全整改的內容有加強機房硬件的標簽管理，采用難以去除的標簽對重要設備進行標記；安裝紅外報警器，結合現有的門禁係統、視頻監控係統、24小時不間斷保安值班、運維人員和工作人員值班等措施，對數據中心加強安全管理；按照功能劃分物理功能區，將數據中心劃分為網絡區、數據庫區、托管區、刀片服務器區和存儲區等；使用消防認可的防火銫鉀玻璃進行隔離，並安裝氣體消防滅火設施。
（二）網絡安全
根據等級保護基本要求，網絡安全需要從結構安全、訪問控製、安全審計、便捷性檢查、入侵防範、惡意代碼防範、網絡設備防護7個方麵進行建設。網站群在網絡層主要麵臨的安全威脅是漏洞掃描、口令猜解、拒絕服務攻擊等。網站群往往由主要網站群和部門托管網站群等類別組成，不同的網站其重要程度和開發、維護要求不盡相同，應該按照部門性質、重要程度對網站群進行安全域劃分。在網站群的互聯網接入區，按照等級保護要求，應該考慮邊界訪問控製、邊界入侵防範、網絡安全審計以及網絡防病毒等措施。在對網站群的遠程維護中，必須杜絕直接通過遠程桌麵（RDP）或FTP等不安全的方式進行維護，否則一旦這些方式存在安全漏洞，會對網站群造成嚴重威脅。