我國高等教育近幾年來有了跨越式的發展，開始進入大眾化的階段。高等教育的職能也在變化。20世紀末我國高等教育還處在精英教育的階段，主要培養高級專門人才。現在進入大眾化階段，在辦學思想上、培養目標上、培養模式上都應該有所改變。以下幾個問題值得我們思考。
1.加強學校與社會的聯係。我國高校與社會的聯係不夠密切，與企業聯係很少。這不僅影響到學校科研成果的轉化，也影響到學校的發展。高等學校有人才的優勢，國家應該把高等學校納入國家科技創新體係。
2.正確處理好政府幹預和學校自主辦學的關係。擴大高等學校的辦學自主權已經喊了多年，但落實得不夠。高等學校要辦出特色，就要有自主辦學的權力，包括招生錄取、專業設置、課程設置、培養模式、與社會的聯係等。
3.正確處理好普及與提高的關係。當前我國高等學校趨同化現象特別嚴重，許多學校都想升格辦大學，都想辦成清華、北大。高等教育進入大眾化階段，高等學校就應該是多層次、多樣化的。社會也需要多層次、多樣化人才。其實任何層次的學校都能辦出特色，辦成一流。
4.正確處理好掌握知識與培養能力、提高素質的關係。高等學校不僅要給學生傳授淵博的知識，更要培養學生學習的能力，特別是判斷的能力、批判性思維，不迷信權威，才能在學術上有所創新。
5.正確處理好教學與科研的關係。高等學校是培養人才的地方，也是知識創新的基地。因此，教學和科研不能偏廢，兩者是互相促進的。但現在職稱評定等都著重於科研成果，對教學重視不夠。同時對不同層次的學校在教學和科研上也應有不同的側重，不能用一個標準評價學校。
6.正確處理好基礎研究與應用研究的關係。高校的科學研究也應該根據性質的不同對基礎研究與應用研究有所側重。總體上講，高層次的大學應該加強基礎研究，因為大學學科齊全，人才資源豐富，比較有條件進行基礎研究。基礎研究可能一時很難轉化為生產力，但它是科技創新的基礎，它的成果具有深遠的影響。我們看到諾貝爾獎獲得者基本上是在基礎研究上有所突破。