金融工程是一門綜合性學科，但它不是各個組成部分的簡單加總，而是這些組成部分的有機結合。它已經形成了自身的知識結構和邏輯關係，金融工程的基本結構主要由理論工具、實體工具和方法與策略三個部分組成。
（一）理論工具
理論工具是指使金融工程成為一門正式學科的那些概念、思想和理論。包括：估值理論、投資組合理論、資本結構的M－M定理、資本資產定價理論、套期保值理論、套利定價理論、期權期貨定價理論、風險管理理論、會計關係、稅收待遇等。
（二）實體工具
實體工具是那些為了達到某一特定目的而設計的金融工具和金融手段，大體上分三大類。
第一類是現貨工具，主要是商品、貨幣、外匯、債券、股票等。第二類是衍生工具，既包括遠期、期貨、互換、期權等基本的衍生產品，也包括在此基礎上再衍生出來的複合衍生產品。如期貨期權、遠期期權、遠期互換、交叉貨幣互換等。第三類是混合工具，主要是由基礎證券與衍生證券結合得到的混合證券，如可贖回債券，可轉換債券、可回售債券等。
這些實體工具既是金融交易的交易對象，也是用於金融工程分解與組合業務的零部件。在應用中，可以直接采用現有的標準化規格，也可以按特定的需求另外定製，還可以運用各種方法加以組合。如果某一種金融工具結構不夠滿意，還可以調整直至取得理想的結果。例如，某交易者準備買入期貨，但對目前期貨趨勢判斷不是很明朗，又擔心到明朗時期貨價已漲高，人們設計出期貨買權就可以幫該交易者實現他的意圖。先買入期貨買權，然後等待期貨走勢明朗再確定是否買入期貨。
（三）金融工程的方法與策略
金融工程的方法與策略是指人們運用理論工具和實體工具來解決金融實際問題的一係列方法、策略和技術。包括投資策略、風險管理策略、套利策略、利率免疫策略、資產負債管理、避稅策略、流動性管理、利用合成和剝離來升值、投機等等。